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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock 运行是否需要GPU并行运算？
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superwinder

铜虫 (初入文坛)

[求助] autodock 运行是否需要GPU并行运算？ 已有2人参与

据说autodock运算和Box选取大小有关，这一点我没有经验。只是发现自己的双核cpu运算实在太慢，但是手上有一块GTX760，不知道能否在dos下运行用得上？AUTODOCK的运算是否只是依靠CPU，能否设置为CPU+GPU运算模式？求助各位！提前谢过！
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1楼 2014-11-10 10:38:02
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
貌似有gpu版本的autodock,没用过，但是觉得gpu大多数时候是雷声大雨点小，有空就试一下效果，想当年高斯一算就是几天半个月的，跟这对接的相比，洒洒水啦

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2楼2014-11-10 20:02:06
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superwinder

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-11-10 20:02:06
貌似有gpu版本的autodock,没用过，但是觉得gpu大多数时候是雷声大雨点小，有空就试一下效果，想当年高斯一算就是几天半个月的，跟这对接的相比，洒洒水啦

高斯？好吧，什么需要这个啊？
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3楼2014-11-10 21:16:41
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主为什么不试一下vina呢，肯定比autodock快多了

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4楼2014-11-11 14:19:29
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superwinder

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-11-11 14:19:29
楼主为什么不试一下vina呢，肯定比autodock快多了

是用vina.先用AUTODOCK准备好receptor和ligand，然后从dos下调出vina，输入config 文件运行。就是太慢，我做的是蛋白蛋白docking
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5楼2014-11-12 23:08:43
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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5楼: Originally posted by superwinder at 2014-11-12 23:08:43
是用vina.先用AUTODOCK准备好receptor和ligand，然后从dos下调出vina，输入config 文件运行。就是太慢，我做的是蛋白蛋白docking...

牛啊，用vina做pp对接，在线server也有很多可以试一试的呀，比如那个rosseta（不知道有没有拼错）

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6楼2014-11-13 21:54:40
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by superwinder at 2014-11-12 23:08:43
是用vina.先用AUTODOCK准备好receptor和ligand，然后从dos下调出vina，输入config 文件运行。就是太慢，我做的是蛋白蛋白docking...

vina 可以多核处理的，什么dos,lz 肯定是在win下，vina --cpu 48试过么？

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7楼2014-11-14 06:36:31
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