应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock 运行是否需要GPU并行运算？
71/1返回列表
查看: 2376  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

superwinder

铜虫 (初入文坛)

[求助] autodock 运行是否需要GPU并行运算？ 已有2人参与

据说autodock运算和Box选取大小有关，这一点我没有经验。只是发现自己的双核cpu运算实在太慢，但是手上有一块GTX760，不知道能否在dos下运行用得上？AUTODOCK的运算是否只是依靠CPU，能否设置为CPU+GPU运算模式？求助各位！提前谢过！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-11-10 10:38:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
貌似有gpu版本的autodock,没用过，但是觉得gpu大多数时候是雷声大雨点小，有空就试一下效果，想当年高斯一算就是几天半个月的，跟这对接的相比，洒洒水啦

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-10 20:02:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superwinder

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-11-10 20:02:06
貌似有gpu版本的autodock,没用过，但是觉得gpu大多数时候是雷声大雨点小，有空就试一下效果，想当年高斯一算就是几天半个月的，跟这对接的相比，洒洒水啦

高斯？好吧，什么需要这个啊？
赞一下 回复此楼
3楼2014-11-10 21:16:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主为什么不试一下vina呢，肯定比autodock快多了

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-11 14:19:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superwinder

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-11-11 14:19:29
楼主为什么不试一下vina呢，肯定比autodock快多了

是用vina.先用AUTODOCK准备好receptor和ligand，然后从dos下调出vina，输入config 文件运行。就是太慢，我做的是蛋白蛋白docking
赞一下 回复此楼
5楼2014-11-12 23:08:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by superwinder at 2014-11-12 23:08:43
是用vina.先用AUTODOCK准备好receptor和ligand，然后从dos下调出vina，输入config 文件运行。就是太慢，我做的是蛋白蛋白docking...

牛啊，用vina做pp对接，在线server也有很多可以试一试的呀，比如那个rosseta（不知道有没有拼错）

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2014-11-13 21:54:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by superwinder at 2014-11-12 23:08:43
是用vina.先用AUTODOCK准备好receptor和ligand，然后从dos下调出vina，输入config 文件运行。就是太慢，我做的是蛋白蛋白docking...

vina 可以多核处理的，什么dos,lz 肯定是在win下，vina --cpu 48试过么？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2014-11-14 06:36:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ZhF2026 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 准备明年的基金了 +7 Tide man 2026-07-27 7/350 2026-08-02 16:43 by gltch
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 9/450 2026-08-02 16:32 by jHcrHMhbKCFV
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:31 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 13/650 2026-08-02 16:27 by jHcrHMhbKCFV
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:24 by jHcrHMhbKCFV
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:21 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +9 archvillain 2026-08-02 11/550 2026-08-02 15:44 by alexon
[找工作] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 12/600 2026-08-02 13:43 by jHcrHMhbKCFV
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 16/800 2026-08-02 13:34 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 21/1050 2026-08-02 10:56 by iaeyuan
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 10/500 2026-08-02 10:00 by 锦衣卫寒战
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 7/350 2026-08-02 07:59 by 88817753
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭