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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 膜蛋白用NAMD跑了三个纳秒后蛋白质偏离很严重
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rocksliu

金虫 (小有名气)

[求助] 膜蛋白用NAMD跑了三个纳秒后蛋白质偏离很严重

加膜加水后显限制蛋白质进行优化，然后释放蛋白质优化了3纳秒，发现释放蛋白质优化后蛋白质偏离原来的构像很严重，基本上是平移了很大的距离，连蛋白与配体之间的相互作用都没了，不知道哪里出错了，求高手解答！！万分感谢！！
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1楼 2014-11-05 22:41:28
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Cong2014

铜虫 (小有名气)
3 ns挺长的，长到足够蛋白质发生一段平移了吧。有没有加离子去中和蛋白质和膜带的电荷？
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2楼2014-11-07 10:56:04
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mins1367

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 10:56:04
3 ns挺长的，长到足够蛋白质发生一段平移了吧。有没有加离子去中和蛋白质和膜带的电荷？

3ns很长？我现在也要做一个膜蛋白，时间要设多少呢?
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3楼2018-11-26 20:42:35
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mins1367 at 2018-11-26 20:42:35
3ns很长？我现在也要做一个膜蛋白，时间要设多少呢?...

膜蛋白平衡至少100ns 具体长度与磷脂类型有关

发自小木虫IOS客户端
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4楼2018-11-29 20:51:56
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