| 查看: 2782 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
请教关于 多样性指数、聚类分析的方法。 已有1人参与
|
|||
|
我做100个品种的遗传多样性差异分析，每个品种田间取10株，灌浆中期在每个小区中间2行随机抽选10株，调查单株穗数、株高、主茎穗长、小穗数、旗叶长、旗 叶宽及倒一节长，收获后室内调查主茎穗粒数、单株粒重和单穗粒重。 多样性指数(Shannon，1949)的计算方法如下：先计算参试材料总体平均数(x)和标准差(σ)，然后划分为10级，从第一级【xi<(x-2σ)】到第10级[xi>(x+2σ)】，每0.5 σ为一级。每一级的相对频率用于计算多样性指数。多样性指数公式为：H’=-Σpi Lnpi，公式中Pi为某性状第i级别内材料份数占总份数的百分比，ln为自然对数。 看了这段话，很多文献都是用这种方法计算多样性指数，不理解这话的意思，具体怎么操作呢？100个品种每个品种10次重复，参试材料总体平均数(x)，这个是啥意思，每个品种的同一性状分别求出平均值之后，再用所求的平均值再算一次平均值吗？从第一级【xi<(x-2σ)】到第10级[xi>(x+2σ)】，每一级的相对频率用于计算多样性指数，这个可以用EXCL操作么？怎么操作呢，请大拿指教，万分感激。 另外需要做聚类分析，关于聚类分析的方法选择也存在疑惑，哪种聚类方法都可以吗，不同方法得出的结果是否有影响，用DPS做遗传多样性聚类哪种方法最常用呢？聚类分析的数据是平均值算，还是10次重复数值直接录入计算呢？ 期待您的解答。 |
回复此楼» 猜你喜欢
求材料调剂
已经有8人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有5人回复
-
一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂
已经有4人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有6人回复
-
085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以）
已经有3人回复
-
330求调剂
已经有3人回复
-
一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂
已经有5人回复
-
304求调剂
已经有5人回复
-
311求调剂
已经有4人回复
-
354求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- K 均值聚类算法（K-means算法）MATLAB实现及说明文档
已经有262人回复
- gel-pro Analyzer怎么用
已经有5人回复
- 如何进行聚类分析？
已经有7人回复
- Matlab如何对多维数据的聚类作图？
已经有8人回复
- Matlab心得及学习方法（不断更新）
已经有26人回复
- RNA提取后跑胶泳道条带弥散，有亮带，请教这是什么原因呢？
已经有26人回复
- matlab如何实现数据流聚类过程模拟的
已经有10人回复
- DGGE条带聚类分析得到的树状图横线上的数字代表什么意思？有什么意义？
已经有3人回复
- 谁用过Gel-pro analyzer?
已经有5人回复
- DGGE 垂直电泳 灌胶技术 各位大侠帮帮忙
已经有13人回复
- 请问物种多样性的分析中布雷柯蒂斯（Bray– Curtis）聚类分析有何优点
已经有5人回复
- biolog的数据分析方法
已经有7人回复
- 利用matlab怎么获得平均谱图？
已经有5人回复
- 求助quantity one
已经有10人回复
- Matlab 实现DGGE电泳图谱的 泳道多样性指数，相似性指数，泳道聚类分析
已经有26人回复
- 对SSR等位基因数、Shannon信息指数和Nei多样性指数的方差分析？
已经有4人回复
- 请教微生物群落多样性指数分析
已经有3人回复
- 如何用quantity one对DGGE电泳条带进行数字化
已经有4人回复
- 求助TRFLP数据分析
已经有17人回复
- 用Quantity one分析DGGE电泳结果，如果计算Shannon多样性指数
已经有11人回复
- 【求助/交流】关于QUANTITY ONE 软件的使用
已经有7人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
badman20
木虫 (小有名气)
- 应助: 21 (小学生)
- 金币: 2155.5
- 红花: 9
- 帖子: 167
- 在线: 124.1小时
- 虫号: 2696434
- 注册: 2013-10-03
- 性别: GG
- 专业: 林木遗传育种学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
也是醉了.: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常清晰的讲解 2014-11-05 15:37:07
lqf808: 金币+5, 很对 2014-11-05 18:59:29
感谢参与，应助指数 +1
也是醉了.: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常清晰的讲解 2014-11-05 15:37:07
lqf808: 金币+5, 很对 2014-11-05 18:59:29
|
第一，关于如何操作数据分析: 1. 所谓总体平均值就是所有参试个体的总平均值（X），你先算每个品种的均值，再算所有品种间的均值，结果都是一样的； 2. 标准差(σ)就是先对品种进行方差分析，得到表型方差（V），开根号等到标准差σ； 3. 得到以上两个值后，计算每个品种的均值(xi)； 4. 按照按照公式计算分级，统计每一级的品种个数； 5. 按照香农多样性指数计算多样性； PS:以上所有步骤都可在EXCEL里进行! 第二，关于聚类： 另关于聚类的问题，原则上用任何一种方法均可（但你用了哪一种方法得到的聚类图最好在下面注明），因为这些计算品种间距离（差异）的几种方法都是大家公认的，当然你也可以参考类似文献采用的得较多的一种方法！ 祝顺利！ |
3楼2014-11-05 13:05:45
4楼2014-11-05 15:36:34
|
大哥，我想了一下，还有几个不懂的问题，请您指教。 1.标准差是所有品种的某一性状的总标准差吗？如果是这样，那我10株的重复数据，比如单株粒重这一项，我的一个品种十株一起脱粒，称重后的重量是10株的重量之和，除以10就可以得到这个品种的单株粒重的平均值了，貌似不需要进行单独每一株都称重，分别记下数值了？是这样吗，这样是不是也可以做多样性指数分析，也就是说品种内个别的性状不需要进行重复了，我只是要某一个品种的平均值就行了呢？计算多样性指数，我需要用总体的平均值，每个品种的平均值，表型方差，标准差，这些我假设我每个品种都只有一个总数，能算出平均值就能求出吧，是这样吗？我之前问的一个关于变异系数的帖子您也指导我了，我可以理解成变异系数的计算需要10次重复数据，而多样性指数的计算不需要10次重复数据，只需有均值即可吗？这是引用的一篇文献【【从变异系数可以看出，除小穗数外，其他5个性状均存在较大的变异，其中单株粒重的变异程度最大，其次是单穗粒重。各性状的变异系数在不同国家材料间存在明显差异，智利材料的单穗粒重、墨丙哥材料的小穗数、千粒重和单株粒重、澳大利亚材料的单株穗数及俄罗斯材料的穗粒数变异程度最小；荷兰材料的单穗粒重和千粒重、中国材料的穗粒数和单株穗数及俄罗斯材料的小穗数和单株粒重变异程度最大。采用6个性状变异系数的平均值评价不同国家种质资源产量综合性状的变异大小，其顺序为：荷兰材料(25．53％)>俄罗斯材料(24．48％)>中国材料(23．47％)>智利材料(22．22％)>澳大利亚材料(19．24％)>墨西哥材料(19．14%)。】】我需要计算的各性状的变异系数到底是您所说表型变异还是遗传变异呢。换句话说我到底是用各个品种均值计算还是用10次重复数据计算呢？下面还有一个图片的附表，请您看一下。 2.关于这个【划分为10级，从第一级【xi<(x-2σ)】到第10级[xi>(x+2σ)】，每0.5σ为一级。每一级的相对频率用于计算多样性指数。】统计每一级的品种个数，比如我100个品种，第一级有12个品种，那么Pi就是0.12，用这个公式H’=-Σpi Lnpi，将Pi带入，算出第一级的指数。再统计余下的9级，将余下的求和，就算出了这个性状的多样性指数了，这样操作对吗？ 3.聚类分析的问题，文献中聚类方法大多不一致，有用离差平方和法，有用最长、短距离法，还有完全联接法的，我该如何选择聚类方法呢？ 聚类分析是否需要将10次重复数据录入计算，还是根据各个品种的平均值计算（我记得好像需要，但是单一的数据好像也可以聚类，这个不太懂..） 问题好多，麻烦您了  截图.png |
5楼2014-11-05 16:43:36
6楼2014-11-05 19:00:44
50