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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 为什么用MD做不出囊泡的结构
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hf8450

铁虫 (小有名气)

[交流] 为什么用MD做不出囊泡的结构

最近本学末想用MD做一下经典的囊泡结构，从最初的无规分散的 小脂质体做起，调了一个月参数做也做不出来。看过Markvoort的文献，他们用DPPC先做双分子膜，在做囊泡、就想问下用一般的自组装做不出囊泡吗？
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1楼 2014-11-04 14:59:06
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baoshengda
★
hf8450(金币+1): 谢谢参与
2楼2014-11-04 15:24:47
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dmbb
★
hf8450(金币+1): 谢谢参与
3楼2014-11-04 15:28:13
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STSW123
4楼2014-11-04 15:39:41
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
理论上是可以，但会卡在亚稳态上，所以，初始结构要接近最后的自组装结构，计算会提高效率
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5楼2014-11-04 21:33:00
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kindermoon

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用bilayer然后self－assembly就可以了，就是要用一个比membrane 尺寸大一点的盒子，盒子边缘用水填充，直接跑大概几百纳米就可以形成囊泡了。最好用coarse－grained做，比较快一点
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6楼2014-11-04 22:08:35
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