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Prion飞飞铜虫 (初入文坛)
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[求助]
【急求】Autodock4.2.6 的binding energy和inhib_constant的关系已有2人参与
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大家好！ 我用Autodock做docking后，分析docking结果时发现显示的conformation information跟ADT tutorial的界面不一样，没有显示docking energy（图1）。 根据Tutorial，inhib_constant（Ki）应该是由docking energy（deltaG）计算出来的，Ki=exp((deltaG*1000.)/(Rcal*TK), Rcal=1.98719，TK=298.15。但我拿binding energy值和取对数的inhib_constant（pKi）去拟合，发现很强的线性相关关系（图2），好像inhib_constant是从binding energy计算出来的。于是又按照上面那条公式，把deltaG换成binding energy 去计算inhib_constant，得到的值差不多，但也不完全对得上。所以我就糊了。。。 从tutorial上看，binding energy和docking energy是不一样的呀。怎么会这样~到底binding energy, docking energy 和 inhib_constant 是什么关系？  binding free energy 又是神马。。。请大家帮我弄清楚吧（还蛮急的）~~谢谢啦~~  conformation information.png  corrlationship between binding energy and pKi.png |
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Prion飞飞
铜虫 (初入文坛)
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- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
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就是说binding energy跟inhib_constant直接相关吗？ 说明书上说： binding energy is the sum of the intermolecular energy and the torsional free-energy penalty. docking energy is the sum of the intermolecular energy and the ligand's internal energy. docking energy和binding energy 应该是不一样的呀。 inhib_constant是从docking energy计算出来的，所以不应该跟binding energy有这么强的相关关系吧？ 难道binding energy跟docking energy之间就有很强的相关性？ 谢谢啦~~  |
3楼2014-10-31 19:11:51
2楼2014-10-31 14:29:42
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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你可以看看Autodock的中文教程，里面有关打分函数的详细描述。 http://bioms.org/forum.php?mod=v ... ;amp;extra=page%3D1 |
4楼2014-11-01 22:05:11
944560637
木虫 (正式写手)
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5楼2015-03-28 10:23:37