| 查看: 2277 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
Prion飞飞铜虫 (初入文坛)
|
[求助]
【急求】Autodock4.2.6 的binding energy和inhib_constant的关系 已有2人参与
|
||
|
大家好！ 我用Autodock做docking后，分析docking结果时发现显示的conformation information跟ADT tutorial的界面不一样，没有显示docking energy（图1）。 根据Tutorial，inhib_constant（Ki）应该是由docking energy（deltaG）计算出来的，Ki=exp((deltaG*1000.)/(Rcal*TK), Rcal=1.98719，TK=298.15。但我拿binding energy值和取对数的inhib_constant（pKi）去拟合，发现很强的线性相关关系（图2），好像inhib_constant是从binding energy计算出来的。于是又按照上面那条公式，把deltaG换成binding energy 去计算inhib_constant，得到的值差不多，但也不完全对得上。所以我就糊了。。。 从tutorial上看，binding energy和docking energy是不一样的呀。怎么会这样~到底binding energy, docking energy 和 inhib_constant 是什么关系？  binding free energy 又是神马。。。请大家帮我弄清楚吧（还蛮急的）~~谢谢啦~~  conformation information.png  corrlationship between binding energy and pKi.png |
回复此楼» 猜你喜欢
281求调剂（0805）
已经有8人回复
-
环境领域全国重点实验室招收博士1-2名
已经有3人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有10人回复
-
301求调剂
已经有6人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有7人回复
-
302求调剂
已经有6人回复
-
26博士申请
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有3人回复
-
311求调剂
已经有10人回复
-
被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问计算小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？
已经有10人回复
- 请教碘化铅中碘 3d5/2 binding energy
已经有3人回复
- binding energy怎么这么大？
已经有5人回复
- 分子对接及打分函数
已经有12人回复
- 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
已经有7人回复
- 【求助】H2 Binding Energy@SIESTA
已经有13人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
Prion飞飞
铜虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 147.5
- 帖子: 47
- 在线: 11.4小时
- 虫号: 2849698
- 注册: 2013-12-05
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
|
就是说binding energy跟inhib_constant直接相关吗？ 说明书上说： binding energy is the sum of the intermolecular energy and the torsional free-energy penalty. docking energy is the sum of the intermolecular energy and the ligand's internal energy. docking energy和binding energy 应该是不一样的呀。 inhib_constant是从docking energy计算出来的，所以不应该跟binding energy有这么强的相关关系吧？ 难道binding energy跟docking energy之间就有很强的相关性？ 谢谢啦~~  |
3楼2014-10-31 19:11:51
2楼2014-10-31 14:29:42
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
你可以看看Autodock的中文教程，里面有关打分函数的详细描述。 http://bioms.org/forum.php?mod=v ... ;amp;extra=page%3D1 |
4楼2014-11-01 22:05:11
944560637
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1812.6
- 红花: 3
- 帖子: 847
- 在线: 81.9小时
- 虫号: 1111174
- 注册: 2010-09-29
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
5楼2015-03-28 10:23:37
