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fanfan3570

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于CHIP-seq样品打断的疑问 已有1人参与

之前同事做CHIP(染色质免疫沉淀技术),都是用的宁波新芝的打断仪,效果不错,都能打到DNA片段在200-500bp,现在不知道是打断仪的问题还是什么问题,DNA片段一直打不下来。实验室还有一台新买的Covaris的打断仪,供应商说可以用来处理CHIP样品的,但是我们自己做的时候,发现片段还是打不下了,不知道是什么原因?
     坛子里不晓得有没有做过二代测序的,你们做CHIP-seq的时候用什么仪器打断的,有用宁波新芝的细胞破碎仪或者Covaris M220的麻烦回复一下,多谢了
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jackiey2

铜虫 (正式写手)

应该是交联过度了,减少交联时间试试。
遗传
2楼2014-10-31 22:02:00
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rb

木虫 (著名写手)

小笨虫虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fanfan3570: 金币+3 2014-11-07 10:34:21
温度,时间,频率 打小片段用high档。记住冰水混合物的冰占水面80%。
Covaris还凑合的。
寝室楼的大爷、大妈都是哲学家,他们每天都在思考人类最根本的三个问题:你是谁?你从哪儿来?要去哪儿?
3楼2014-10-31 23:54:57
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fanfan3570

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by rb at 2014-10-31 23:54:57
温度,时间,频率 打小片段用high档。记住冰水混合物的冰占水面80%。
Covaris还凑合的。

想问一下,你们之前用Covaris打断过吗?如果打断过,能不能把参数告诉我们呀
4楼2014-11-07 10:32:03
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fanfan3570

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jackiey2 at 2014-10-31 22:02:00
应该是交联过度了,减少交联时间试试。

你们之前做过吗???用什么仪器呀?能不能把参数告诉我一下
5楼2014-11-07 10:34:05
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rb

木虫 (著名写手)

小笨虫虫

引用回帖:
4楼: Originally posted by fanfan3570 at 2014-11-07 10:32:03
想问一下,你们之前用Covaris打断过吗?如果打断过,能不能把参数告诉我们呀...

不同片段的,参数完全不同的。需要自己试几个的。CHIP-seq的需要的高频的,自己还是要摸索一下,由于高频时间长记住中间要去水加冰的。
寝室楼的大爷、大妈都是哲学家,他们每天都在思考人类最根本的三个问题:你是谁?你从哪儿来?要去哪儿?
6楼2014-11-07 12:19:04
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fanfan3570

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by rb at 2014-11-07 12:19:04
不同片段的,参数完全不同的。需要自己试几个的。CHIP-seq的需要的高频的,自己还是要摸索一下,由于高频时间长记住中间要去水加冰的。...

那你们用的是什么仪器呀?
7楼2014-11-07 14:43:39
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湖滨天行

新虫 (初入文坛)

楼主,你之前用的东芝哪个型号啊,超声的条件是怎么样的?
8楼2015-04-02 10:50:55
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turnaward

铜虫 (正式写手)

楼主,您有的新芝破碎仪有的功率是多少,时间多久可否相告?
9楼2015-05-03 20:00:34
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