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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 关于CHIP-seq样品打断的疑问
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fanfan3570

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于CHIP-seq样品打断的疑问 已有1人参与

之前同事做CHIP（染色质免疫沉淀技术），都是用的宁波新芝的打断仪，效果不错，都能打到DNA片段在200-500bp，现在不知道是打断仪的问题还是什么问题，DNA片段一直打不下来。实验室还有一台新买的Covaris的打断仪，供应商说可以用来处理CHIP样品的，但是我们自己做的时候，发现片段还是打不下了，不知道是什么原因？
     坛子里不晓得有没有做过二代测序的，你们做CHIP-seq的时候用什么仪器打断的，有用宁波新芝的细胞破碎仪或者Covaris M220的麻烦回复一下，多谢了
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1楼 2014-10-31 11:32:38
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rb

木虫 (著名写手)

小笨虫虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by fanfan3570 at 2014-11-07 10:32:03
想问一下，你们之前用Covaris打断过吗？如果打断过，能不能把参数告诉我们呀...

不同片段的，参数完全不同的。需要自己试几个的。CHIP-seq的需要的高频的，自己还是要摸索一下，由于高频时间长记住中间要去水加冰的。
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寝室楼的大爷、大妈都是哲学家，他们每天都在思考人类最根本的三个问题：你是谁？你从哪儿来？要去哪儿？
6楼2014-11-07 12:19:04
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jackiey2

铜虫 (正式写手)
应该是交联过度了，减少交联时间试试。
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遗传
2楼2014-10-31 22:02:00
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rb

木虫 (著名写手)

小笨虫虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fanfan3570: 金币+3 2014-11-07 10:34:21
温度，时间，频率 打小片段用high档。记住冰水混合物的冰占水面80%。
Covaris还凑合的。
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寝室楼的大爷、大妈都是哲学家，他们每天都在思考人类最根本的三个问题：你是谁？你从哪儿来？要去哪儿？
3楼2014-10-31 23:54:57
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fanfan3570

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by rb at 2014-10-31 23:54:57
温度，时间，频率 打小片段用high档。记住冰水混合物的冰占水面80%。
Covaris还凑合的。

想问一下，你们之前用Covaris打断过吗？如果打断过，能不能把参数告诉我们呀
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4楼2014-11-07 10:32:03
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