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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by 荷西树 at 2014-10-29 22:17:11
谢谢您的指导。我的情况大概是这样的,实验上做了生物质的热裂解,一定的温度段下得到了选择性很高的化学品,然后用分子动力学跑了纤维素的模型(当然还有半纤维素和木质素),在比实验温度高出1300K的情况下出现了 ...

有意思。既然反应是有温度选择性的,这背后一定有很有意思的东西可以挖掘。你的模拟目的如果是尝试解释此机理,那温度的选择就必然是个关键因素,审稿人要求进一步解释是合理的。当然分子模拟这种反应是有很大困难的。你说“用分子动力学跑了纤维素的模型”,"在比实验温度高出1300K的情况下出现了这种化学品", 请问你们模拟的是反应过程、产物分布么,还是说仅仅是产物态的一些性质?后者一般力场即可,前者就得用可反应力场,或者从头算或半经验分子动力学。

如果是用了从头算分子动力学模拟反应,那么在高于实验1300K下才发生反应,很容易解释,这可能是你们用的理论方法,overbonding了键能,导致需要更高的热能来克服反应能垒。有些半经验方法,或者高等方法用小的基组,键能差个把eV很正常。如果是这样,这是现有可用理论方法的局限,并非你们研究方法的错误或缺陷。不过,这种情况下你们最好提供验证结果,即用你们方法计算简单小分子的裂解键能,说明误差的程度。
11楼2014-10-31 03:11:11
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abinitio

版主 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 荷西树 at 2014-10-30 18:17:11
谢谢您的指导。我的情况大概是这样的,实验上做了生物质的热裂解,一定的温度段下得到了选择性很高的化学品,然后用分子动力学跑了纤维素的模型(当然还有半纤维素和木质素),在比实验温度高出1300K的情况下出现了 ...

原来如此,是反应温度的误差。
那就涉及到了路径问题,再具体说说,你是用什么软件来计算的?
ChemiAndy 似乎更理解你的意思
12楼2014-10-31 08:08:03
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荷西树

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by abinitio at 2014-10-31 08:08:03
原来如此,是反应温度的误差。
那就涉及到了路径问题,再具体说说,你是用什么软件来计算的?
ChemiAndy 似乎更理解你的意思...

特别感谢abinitio 和ChemiAndy的答疑。我用的是lammpse来做的,采用的CHO的立场,模拟的是反应历程和产物分布。
13楼2014-10-31 12:37:10
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荷西树

新虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-10-31 03:11:11
有意思。既然反应是有温度选择性的,这背后一定有很有意思的东西可以挖掘。你的模拟目的如果是尝试解释此机理,那温度的选择就必然是个关键因素,审稿人要求进一步解释是合理的。当然分子模拟这种反应是有很大困难 ...

特别感谢abinitio 和ChemiAndy的答疑。我用的是lammpse来做的,采用的CHO的立场,模拟的是反应历程和产物分布。
14楼2014-10-31 12:37:18
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seawind1990

木虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by abinitio at 2014-10-31 08:08:03
原来如此,是反应温度的误差。
那就涉及到了路径问题,再具体说说,你是用什么软件来计算的?
ChemiAndy 似乎更理解你的意思...

您好,我想模拟无机盐晶体熔点,但是混合物存在晶体建模问题。特定比例可以直接用替换方法建模,但是随机比例如何构建晶体模型呢?
15楼2018-01-22 10:04:48
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