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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 分子动力学的缺点
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 荷西树 at 2014-10-29 22:17:11
谢谢您的指导。我的情况大概是这样的，实验上做了生物质的热裂解，一定的温度段下得到了选择性很高的化学品，然后用分子动力学跑了纤维素的模型（当然还有半纤维素和木质素），在比实验温度高出1300K的情况下出现了 ...

有意思。既然反应是有温度选择性的，这背后一定有很有意思的东西可以挖掘。你的模拟目的如果是尝试解释此机理，那温度的选择就必然是个关键因素，审稿人要求进一步解释是合理的。当然分子模拟这种反应是有很大困难的。你说“用分子动力学跑了纤维素的模型”，"在比实验温度高出1300K的情况下出现了这种化学品", 请问你们模拟的是反应过程、产物分布么，还是说仅仅是产物态的一些性质？后者一般力场即可，前者就得用可反应力场，或者从头算或半经验分子动力学。

如果是用了从头算分子动力学模拟反应，那么在高于实验1300K下才发生反应，很容易解释，这可能是你们用的理论方法，overbonding了键能，导致需要更高的热能来克服反应能垒。有些半经验方法，或者高等方法用小的基组，键能差个把eV很正常。如果是这样，这是现有可用理论方法的局限，并非你们研究方法的错误或缺陷。不过，这种情况下你们最好提供验证结果，即用你们方法计算简单小分子的裂解键能，说明误差的程度。
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11楼2014-10-31 03:11:11
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 荷西树 at 2014-10-30 18:17:11
谢谢您的指导。我的情况大概是这样的，实验上做了生物质的热裂解，一定的温度段下得到了选择性很高的化学品，然后用分子动力学跑了纤维素的模型（当然还有半纤维素和木质素），在比实验温度高出1300K的情况下出现了 ...

原来如此，是反应温度的误差。
那就涉及到了路径问题，再具体说说，你是用什么软件来计算的？
ChemiAndy 似乎更理解你的意思
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12楼2014-10-31 08:08:03
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荷西树

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by abinitio at 2014-10-31 08:08:03
原来如此，是反应温度的误差。
那就涉及到了路径问题，再具体说说，你是用什么软件来计算的？
ChemiAndy 似乎更理解你的意思...

特别感谢abinitio 和ChemiAndy的答疑。我用的是lammpse来做的，采用的CHO的立场，模拟的是反应历程和产物分布。
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13楼2014-10-31 12:37:10
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荷西树

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-10-31 03:11:11
有意思。既然反应是有温度选择性的，这背后一定有很有意思的东西可以挖掘。你的模拟目的如果是尝试解释此机理，那温度的选择就必然是个关键因素，审稿人要求进一步解释是合理的。当然分子模拟这种反应是有很大困难 ...

特别感谢abinitio 和ChemiAndy的答疑。我用的是lammpse来做的，采用的CHO的立场，模拟的是反应历程和产物分布。
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14楼2014-10-31 12:37:18
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seawind1990

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by abinitio at 2014-10-31 08:08:03
原来如此，是反应温度的误差。
那就涉及到了路径问题，再具体说说，你是用什么软件来计算的？
ChemiAndy 似乎更理解你的意思...

您好，我想模拟无机盐晶体熔点，但是混合物存在晶体建模问题。特定比例可以直接用替换方法建模，但是随机比例如何构建晶体模型呢？
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15楼2018-01-22 10:04:48
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