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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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荷西树

新虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学的缺点 已有1人参与

文章一篇分子动力学和实验结合的文章，审稿人纠结在为什么模拟温度跟实验温度不一致。想请大牛帮分析一下分子动力学的缺点或者给几篇文献作为佐证。谢谢
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1楼 2014-10-28 19:40:36
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 荷西树 at 2014-10-29 22:17:11
谢谢您的指导。我的情况大概是这样的，实验上做了生物质的热裂解，一定的温度段下得到了选择性很高的化学品，然后用分子动力学跑了纤维素的模型（当然还有半纤维素和木质素），在比实验温度高出1300K的情况下出现了 ...

有意思。既然反应是有温度选择性的，这背后一定有很有意思的东西可以挖掘。你的模拟目的如果是尝试解释此机理，那温度的选择就必然是个关键因素，审稿人要求进一步解释是合理的。当然分子模拟这种反应是有很大困难的。你说“用分子动力学跑了纤维素的模型”，"在比实验温度高出1300K的情况下出现了这种化学品", 请问你们模拟的是反应过程、产物分布么，还是说仅仅是产物态的一些性质？后者一般力场即可，前者就得用可反应力场，或者从头算或半经验分子动力学。

如果是用了从头算分子动力学模拟反应，那么在高于实验1300K下才发生反应，很容易解释，这可能是你们用的理论方法，overbonding了键能，导致需要更高的热能来克服反应能垒。有些半经验方法，或者高等方法用小的基组，键能差个把eV很正常。如果是这样，这是现有可用理论方法的局限，并非你们研究方法的错误或缺陷。不过，这种情况下你们最好提供验证结果，即用你们方法计算简单小分子的裂解键能，说明误差的程度。
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11楼2014-10-31 03:11:11
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
被问到这个问题是正常的，一般来说，模拟的体系是一个没有界面，没有缺陷的理想晶体，因此，会存在过热现象。另外，势函数也会影响模拟的熔点值。

可参考以下文献：

Zhang, S. L. et al. Phys. B Condens. Matter 406, 2637–2641 (2011).
L. Han, Q. An, R. Fu, L. Zheng, S. Luo.Phys. B: Condens. Matter, 405 (2010), p. 748
P. Buffat, J. Borel.Phys. Rev. A, 13 (1976), p. 2287
A. Kuksin, et al. Comput. Phys. Commun., 177 (2007), p. 34
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2楼2014-10-29 08:19:55
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荷西树

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2014-10-29 08:19:55
被问到这个问题是正常的，一般来说，模拟的体系是一个没有界面，没有缺陷的理想晶体，因此，会存在过热现象。另外，势函数也会影响模拟的熔点值。

可参考以下文献：

Zhang, S. L. et al. Phys. B Condens. Ma ...

谢谢您
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3楼2014-10-29 12:05:22
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 荷西树 at 2014-10-29 12:05:22
谢谢您...

不客气。建议你用文献中的固液平衡法获得一个接近实验熔点的结果，这样就可以解释审稿人的问题。
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4楼2014-10-29 14:31:19
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