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心醉神迷

金虫 (正式写手)

[求助] 如何查到基因的GO ID ?? 已有1人参与

如何查找基因的GO ID???
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
心醉神迷: 金币+8, ★★★★★最佳答案 2014-10-24 11:00:01
在GO的官网搜基因的名字:
http://geneontology.org/
结果里再点击“Genes and gene product”,
再点击“Direct annotation”里的条目,然后就能看到GO号,找不到说明这个基因没有GO号

或者在ncbi的gene库里搜:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
然后点击最符合条件的结果条目
在General gene information里可能会有Gene Ontology,点击条目也能进入上一个方法的GO界面看GO号
2楼2014-10-24 09:18:36
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心醉神迷

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-24 09:18:36
在GO的官网搜基因的名字:
http://geneontology.org/
结果里再点击“Genes and gene product”,
再点击“Direct annotation”里的条目,然后就能看到GO号,找不到说明这个基因没有GO号

或者在ncbi的gene库里 ...

谢谢回复。我是想找一个大肠杆菌otsB基因的基因功能。GO官网打开以后有三个能输入东西的地方,我要在哪里输入呢?左边Search GO data里输入之后有结果,但是我没有找到Genes and gene product这一项,右边有个小放大镜的那个输入框里输入我的基因名之后没有结果。蒽,怎么回事呀?蒽,NCBI上能找到Gene ID,可是我想要的是使用GO的MF子库用的GO ID额。。
3楼2014-10-24 09:50:59
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心醉神迷

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-24 09:18:36
在GO的官网搜基因的名字:
http://geneontology.org/
结果里再点击“Genes and gene product”,
再点击“Direct annotation”里的条目,然后就能看到GO号,找不到说明这个基因没有GO号

或者在ncbi的gene库里 ...

GO不是有一个能够找到基因功能的子库MF么?你知道怎么用嘛?我想用他找到otsB的基因功能。。。
4楼2014-10-24 10:00:53
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 心醉神迷 at 2014-10-24 09:50:59
谢谢回复。我是想找一个大肠杆菌otsB基因的基因功能。GO官网打开以后有三个能输入东西的地方,我要在哪里输入呢?左边Search GO data里输入之后有结果,但是我没有找到Genes and gene product这一项,右边有个小放 ...

你用高级搜索里的这个链接吧
http://amigo.geneontology.org/amigo/search/bioentity
Free-text filtering里面输入otsB,不用点任何按钮,就出来搜索结果了,然后你就找里面最符合otsB的条目

我都搜到了好几个otsB的:
http://amigo.geneontology.org/amigo/term/GO:0000287
http://amigo.geneontology.org/amigo/term/GO:0005886
……
5楼2014-10-24 10:41:54
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心醉神迷

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-24 10:41:54
你用高级搜索里的这个链接吧
http://amigo.geneontology.org/amigo/search/bioentity
Free-text filtering里面输入otsB,不用点任何按钮,就出来搜索结果了,然后你就找里面最符合otsB的条目

我都搜到了好几个 ...

输入基因名,点第一个绿色的小框框,出来的是这个http://amigo.geneontology.org/am ...  border=\"0\">9WFZ5怎么和你给的我最后那两个链接里的项目不一样呀?
6楼2014-10-24 10:59:08
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 心醉神迷 at 2014-10-24 10:59:08
输入基因名,点第一个绿色的小框框,出来的是这个http://amigo.geneontology.org/amigo/gene_product/UniProtKB9WFZ5怎么和你给的我最后那两个链接里的项目不一样呀?...

点击Direct annotation那列,注意跟倒数第一排的基因名对应
不是你说的绿框
7楼2014-10-24 11:03:02
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