24小时热门版块排行榜    

查看: 567  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xzz1007

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs新手,md之后,为什么提不出来结构呢?已有1人参与

我使用Gromacs跑的md,想取出一些能量较低点的结构
使用的命令是:
trjconv -f XX.xtc -s XX.tpr -b X -e  X -o X.gro
然后选择group(1),
显示如下:

Will write gro: Coordinate file in Gromos-87 format
Reading file md.tpr, VERSION 4.6.5 (double precision)
Reading file md.tpr, VERSION 4.6.5 (double precision)
Select group for output
Group     0 (         System) has    29 elements
Group     1 (          Other) has    29 elements
Group     2 (          H2SO4) has     7 elements
Group     3 (            h2o) has     9 elements
Group     4 (            tma) has    13 elements
Select a group: 1
Selected 1: 'Other'
Last frame         -1 time    0.000   

Precision of traj.xtc is 0.001 (nm)
Using output precision of 0.001 (nm)

WARNING no output, last frame read at t=95.8


gcq#76: "It Costs Too Much If It Costs a Lot" (Magnapop)


这是什么问题呢??求高手帮助!
回复此楼
阳光总在风雨后,再坚持坚持吧.....
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xzz1007

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2014-10-23 16:11:31
估计是你的起始时间和时间间隔取的有点大,你尝试不用-b试试

不大呀,起始都是同一个时间!
阳光总在风雨后,再坚持坚持吧.....
3楼2014-10-23 17:11:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xzz1007: 金币+10, 有帮助 2014-10-24 13:01:31
估计是你的起始时间和时间间隔取的有点大,你尝试不用-b试试

[ 发自小木虫客户端 ]
只做不说,明知没地位,坚信有机会
2楼2014-10-23 16:11:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见