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zhlrui

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】关于蛋白质pdb文件修复的问题![已解决]

各位xdjm,我研究的是比较大的跨膜蛋白,打算用gromacs研究与药物的相互作用,蛋白有1200多个残基,但是pdb文件存在一些错误,大家知道如何检测以及如何修复吗?用什么程序啊?先谢过了!!!
现在是知道可以用这个pbd文件做了
[search]gromacs[/search]

[ Last edited by zhlrui on 2008-5-15 at 16:13 ]
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为了理想而奋斗
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zhlrui

银虫 (小有名气)

另外蛋白是一个四聚体,有四段相同的链组成,是不是需要把链联在一起啊?gromacs可以做四段的大蛋白吗?药物分子倒是挺小的
为了理想而奋斗
2楼2008-05-05 21:46:51
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zhlrui

银虫 (小有名气)

好像可以了,不用怎么处理
为了理想而奋斗
3楼2008-05-14 16:53:48
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bioinflab

银虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by zhlrui at 2008-5-5 21:46:
另外蛋白是一个四聚体,有四段相同的链组成,是不是需要把链联在一起啊?gromacs可以做四段的大蛋白吗?药物分子倒是挺小的

四聚体肯定不能把链联在一起
4楼2008-05-14 19:47:24
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