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xiemeng101

新虫 (小有名气)

[求助] multiwfn生成了一个cube文件,用高斯view和chem3D打开这个cube文件,图片显示的不一样 已有1人参与

我是准备做个空间的电子密度差图,先用multiwfn生成了一个cube文件,分别用高斯view和chem3D打开这个cube文件,为什么图片显示的不一样呢?(1是高斯view打开的结果,2是chem3D显示的结果)


另外,我还想问下,在用multiwfn生成cube文件的时候,the value of isosurface  代表什么物理意义?是随便设置的吗?有没有什么选择要求?

multiwfn生成了一个cube文件,用高斯view和chem3D打开这个cube文件,图片显示的不一样
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multiwfn生成了一个cube文件,用高斯view和chem3D打开这个cube文件,图片显示的不一样-1
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zhou2009

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
从空间的电子密度差图看,the value of isosurface,这是指定的一个等值面值在空间形成的等值面图。高斯view是与高斯配套的,正确地显示了图。而chem3D没有正确接受the value of isosurface。似乎取值过大。
即使在高斯view,也常常需要调整the value of isosurface,求得较好的图形表达,将各部位相对表达清楚。
2楼2014-10-23 10:51:57
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xiemeng101

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-10-23 10:51:57
从空间的电子密度差图看,the value of isosurface,这是指定的一个等值面值在空间形成的等值面图。高斯view是与高斯配套的,正确地显示了图。而chem3D没有正确接受the value of isosurface。似乎取值过大。
即使在 ...

哦,我明白了,是我两个软件在显示电子密度差图时自动选取的the value of the isosurface 不一致导致的,而我也没有进行进一步的设置。
我看multiwfn的手册上有个例子,选取的the value of the isosurface为0.001,表示空间内电子密度为0.001的等值面,即分子范德华表面。the value of the isosurface的值不一定要选取0.001,只要将各部位的电子密度变化的形势表示清楚就可以了,是不,周老师?

我还有个问题,一般选取the value of the isosurface =0.001的分子范德华表面,是有某些特性会在这个范德华表面显示出来吗?还是其他的原因?
3楼2014-10-23 16:22:43
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