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jdy19862002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于gromacs处理如何氢键的?

昨天晚上做报告,我说
“gromacs将氢键的作用已经考虑到非键作用之中了,但是氢键的个数是可以得到的,能量得不到”

结果老师说,到底怎么考虑的,你还是没有说清楚,为什么氢键都能算了,能量算不了呢

我无语了,郁闷

现在请教大家,到底gromacs氢键处理是怎么搞的呀,说清楚些哈,或者告诉我有哪里有说这个的

我将amber力场加入gromacs,能计算它的氢键能吗

谢谢

[ Last edited by jdy19862002 on 2008-5-2 at 13:52 ]
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
全原子力场中有的并没有显示的将氢键的作用表示成一个能量函数,而是将其相互作用拟合到库仑和范德华作用项中了。这时,程序用一般用一个距离和键角判据来估计是否存在氢键。
4楼2008-07-15 11:20:14
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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)

请参考力场方面的书

或者munul上都有说明
苦干巧干,多动脑筋,坚持原则,掌握灵活,宽以待人,严于律己,广交朋友,不要吝啬
2楼2008-06-03 17:14:13
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qtzhou

捐助贵宾 (小有名气)



suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢交流!
我只知道gromacs里面的氢键是按照HON之间的距离来算的,如果HO间距离小于某值,那就是一个氢键.
3楼2008-07-14 11:01:31
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qiaobf

引用回帖:
Originally posted by panda_wendao at 2008-7-15 11:20:
全原子力场中有的并没有显示的将氢键的作用表示成一个能量函数,而是将其相互作用拟合到库仑和范德华作用项中了。这时,程序用一般用一个距离和键角判据来估计是否存在氢键。

正解
5楼2008-07-25 16:24:27
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