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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】关于gromacs处理如何氢键的？
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jdy19862002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于gromacs处理如何氢键的？

昨天晚上做报告，我说
“gromacs将氢键的作用已经考虑到非键作用之中了，但是氢键的个数是可以得到的，能量得不到”

结果老师说，到底怎么考虑的，你还是没有说清楚，为什么氢键都能算了，能量算不了呢

我无语了，郁闷

现在请教大家，到底gromacs氢键处理是怎么搞的呀，说清楚些哈，或者告诉我有哪里有说这个的

我将amber力场加入gromacs，能计算它的氢键能吗

谢谢

[ Last edited by jdy19862002 on 2008-5-2 at 13:52 ]
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1楼 2008-05-02 11:08:34
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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)

请参考力场方面的书

或者munul上都有说明
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苦干巧干，多动脑筋，坚持原则，掌握灵活，宽以待人，严于律己，广交朋友，不要吝啬
2楼2008-06-03 17:14:13
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qtzhou

捐助贵宾 (小有名气)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢交流!
我只知道gromacs里面的氢键是按照HON之间的距离来算的,如果HO间距离小于某值,那就是一个氢键.
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3楼2008-07-14 11:01:31
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panda_wendao

金虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
全原子力场中有的并没有显示的将氢键的作用表示成一个能量函数，而是将其相互作用拟合到库仑和范德华作用项中了。这时，程序用一般用一个距离和键角判据来估计是否存在氢键。
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4楼2008-07-15 11:20:14
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qiaobf

引用回帖:
Originally posted by panda_wendao at 2008-7-15 11:20:
全原子力场中有的并没有显示的将氢键的作用表示成一个能量函数，而是将其相互作用拟合到库仑和范德华作用项中了。这时，程序用一般用一个距离和键角判据来估计是否存在氢键。

正解
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5楼2008-07-25 16:24:27
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