应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】关于gromacs处理如何氢键的？
61/1返回列表
查看: 616  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

jdy19862002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于gromacs处理如何氢键的？

昨天晚上做报告，我说
“gromacs将氢键的作用已经考虑到非键作用之中了，但是氢键的个数是可以得到的，能量得不到”

结果老师说，到底怎么考虑的，你还是没有说清楚，为什么氢键都能算了，能量算不了呢

我无语了，郁闷

现在请教大家，到底gromacs氢键处理是怎么搞的呀，说清楚些哈，或者告诉我有哪里有说这个的

我将amber力场加入gromacs，能计算它的氢键能吗

谢谢

[ Last edited by jdy19862002 on 2008-5-2 at 13:52 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-05-02 11:08:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tecpenguin

铁虫 (初入文坛)

请参考力场方面的书

或者munul上都有说明
赞一下 回复此楼
苦干巧干，多动脑筋，坚持原则，掌握灵活，宽以待人，严于律己，广交朋友，不要吝啬
2楼2008-06-03 17:14:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qtzhou

捐助贵宾 (小有名气)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢交流!
我只知道gromacs里面的氢键是按照HON之间的距离来算的,如果HO间距离小于某值,那就是一个氢键.
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2008-07-14 11:01:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panda_wendao

金虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
全原子力场中有的并没有显示的将氢键的作用表示成一个能量函数，而是将其相互作用拟合到库仑和范德华作用项中了。这时，程序用一般用一个距离和键角判据来估计是否存在氢键。
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-07-15 11:20:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiaobf

引用回帖:
Originally posted by panda_wendao at 2008-7-15 11:20:
全原子力场中有的并没有显示的将氢键的作用表示成一个能量函数，而是将其相互作用拟合到库仑和范德华作用项中了。这时，程序用一般用一个距离和键角判据来估计是否存在氢键。

正解
回复此楼
5楼2008-07-25 16:24:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jdy19862002 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:25 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:12 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:57 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:13 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:01 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 10:01 by 23jxep3nCNZb
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭