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dy6911376

木虫 (正式写手)

[求助] materials studio中高分子Monte Carlo法如何实现? 高金币无限诚意求助 已有2人参与

本人接触materials studio有一段时间了,因为没有人指导,只能自学。所以感觉入门很慢且仍然有很多东西没有弄懂。今天,我怀着谦卑、感恩、感激的心情向木虫上MS方面的大神请教一些一直困扰我的问题,我想这些问题如果解决了,将会有非常大的帮助。还请大神们在百忙之中能耐心解答
1、Monte Carlo方法是公认的在高分子方面的模拟中有重要的作用,我看了很多文献都是用这种方法。但是我自己实际操作的时候问题来了:具体操作时如何使用这个方法?是在什么模块中使用这个方法的?(应该是和高分子相关的模块)
2、在MS软件中建立分子模型,我觉得一般都是先优化的。问题来了:是优化能量还是优化几何构型?具体高分子方面一般用哪个模块优化?
在阅读软件教程和文献的基础上,我知道在高分子领域一般都是使用dreiding力场来优化分子结构,但是我知道有几个模块里面都可以使用这个力场,不知道什么情况下使用哪个模块来优化?
3、在构建分子模型的时候,我想只建立一个官能团,比如—OH,—COOH,—NH2,—CONH2等。可是那个官能团前面的“—”如何在构建分子模型的时候体现出来?因为我只会构建出完整的分子,花费好大经历也没办法弄出我想要的单个官能团模型。
4、我上传一个文献中的截图,请大神懂的明示:


最后,如果这些问题能解决,我非常感谢感激!因为我现在已经研三了,眼瞅着要毕业还要找工作,精力实在是不够用。我研一研二给老板做了两个油田方面的课题,本来打算用课题做毕业论文的,结果因为油田系统的大力反腐,课题验收都延迟且迟迟不结题。这样没有验收我就不能用这些课题来做毕业论文。只能另想办法。我的要求不高,只要能尽快模拟出我要的东西就行。这是我最想要迫切解决的问题。
千言万语,金币才能代表我的心情,才能让各位愿意为我解答的大神感受到我的诚意。我看了这个版块的求助帖,一般的悬赏金币也就几十,真是太少了。完全没有诚意啊。所以我为了表现出自己的诚意,悬赏金币不会低,只要在本求助帖下方交流,我觉得有用,最低奖励20个金币,记住是最低。

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dy6911376

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by qiangwxr at 2014-10-20 08:36:49
Energy是计算当前结构的能量,Geo Opt是优化当前结构,寻找最低能量的结构。帮助文件好好看一下...

对不起,这两个最基本的概念竟然没有区分开来。谢谢您的解答。送红花一朵,表示谢意!
8楼2014-10-20 22:31:22
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qiangwxr

木虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dy6911376: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-10-17 15:05:29
GGA-PBE是在DMol3模块中。
能量优化和结构优化是同一件事吧,结构优化就是寻找能量最低的结构。
2楼2014-10-17 14:24:25
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qiangwxr

木虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

不同亲水基团与水相的混合能:构建完整的分子,除了不同的亲水基团,固定乳化剂中的剩余部分(亲油基团?)。
3楼2014-10-17 14:28:18
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dy6911376

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qiangwxr at 2014-10-17 14:24:25
GGA-PBE是在DMol3模块中。
能量优化和结构优化是同一件事吧,结构优化就是寻找能量最低的结构。

优化的时候有两个选项,在task中一个是Energy,另一个是Geometry Optimization,这是两个不同的选项,难道我选择不同,他的运算都是一样的,只是最后显示的结果根据你的选项不同呈现不同结果而已?
4楼2014-10-17 15:07:50
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