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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » materials studio中高分子Monte Carlo法如何实现？ 高金币无限诚意求助
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dy6911376

木虫 (正式写手)

[求助] materials studio中高分子Monte Carlo法如何实现？ 高金币无限诚意求助 已有2人参与

本人接触materials studio有一段时间了，因为没有人指导，只能自学。所以感觉入门很慢且仍然有很多东西没有弄懂。今天，我怀着谦卑、感恩、感激的心情向木虫上MS方面的大神请教一些一直困扰我的问题，我想这些问题如果解决了，将会有非常大的帮助。还请大神们在百忙之中能耐心解答
1、Monte Carlo方法是公认的在高分子方面的模拟中有重要的作用，我看了很多文献都是用这种方法。但是我自己实际操作的时候问题来了：具体操作时如何使用这个方法？是在什么模块中使用这个方法的？（应该是和高分子相关的模块）
2、在MS软件中建立分子模型，我觉得一般都是先优化的。问题来了：是优化能量还是优化几何构型？具体高分子方面一般用哪个模块优化？
在阅读软件教程和文献的基础上，我知道在高分子领域一般都是使用dreiding力场来优化分子结构，但是我知道有几个模块里面都可以使用这个力场，不知道什么情况下使用哪个模块来优化？
3、在构建分子模型的时候，我想只建立一个官能团，比如—OH，—COOH，—NH2，—CONH2等。可是那个官能团前面的“—”如何在构建分子模型的时候体现出来？因为我只会构建出完整的分子，花费好大经历也没办法弄出我想要的单个官能团模型。
4、我上传一个文献中的截图，请大神懂的明示：


最后，如果这些问题能解决，我非常感谢感激！因为我现在已经研三了，眼瞅着要毕业还要找工作，精力实在是不够用。我研一研二给老板做了两个油田方面的课题，本来打算用课题做毕业论文的，结果因为油田系统的大力反腐，课题验收都延迟且迟迟不结题。这样没有验收我就不能用这些课题来做毕业论文。只能另想办法。我的要求不高，只要能尽快模拟出我要的东西就行。这是我最想要迫切解决的问题。
千言万语，金币才能代表我的心情，才能让各位愿意为我解答的大神感受到我的诚意。我看了这个版块的求助帖，一般的悬赏金币也就几十，真是太少了。完全没有诚意啊。所以我为了表现出自己的诚意，悬赏金币不会低，只要在本求助帖下方交流，我觉得有用，最低奖励20个金币，记住是最低。

materials studio中高分子Monte Carlo法如何实现？   高金币无限诚意求助
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1楼 2014-10-16 16:44:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

qiangwxr

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dy6911376: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-10-17 15:05:29
GGA-PBE是在DMol3模块中。
能量优化和结构优化是同一件事吧，结构优化就是寻找能量最低的结构。
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2楼2014-10-17 14:24:25
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普通回帖

qiangwxr

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

不同亲水基团与水相的混合能：构建完整的分子，除了不同的亲水基团，固定乳化剂中的剩余部分（亲油基团？）。
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3楼2014-10-17 14:28:18
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dy6911376

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qiangwxr at 2014-10-17 14:24:25
GGA-PBE是在DMol3模块中。
能量优化和结构优化是同一件事吧，结构优化就是寻找能量最低的结构。

优化的时候有两个选项，在task中一个是Energy,另一个是Geometry Optimization，这是两个不同的选项，难道我选择不同，他的运算都是一样的，只是最后显示的结果根据你的选项不同呈现不同结果而已？
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4楼2014-10-17 15:07:50
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dy6911376

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qiangwxr at 2014-10-17 14:28:18
不同亲水基团与水相的混合能：构建完整的分子，除了不同的亲水基团，固定乳化剂中的剩余部分（亲油基团？）。

剩余部分如何固定？
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5楼2014-10-17 15:08:26
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qiangwxr

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dy6911376 at 2014-10-17 15:07:50
优化的时候有两个选项，在task中一个是Energy,另一个是Geometry Optimization，这是两个不同的选项，难道我选择不同，他的运算都是一样的，只是最后显示的结果根据你的选项不同呈现不同结果而已？...

Energy是计算当前结构的能量，Geo Opt是优化当前结构，寻找最低能量的结构。帮助文件好好看一下
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dy6911376
6楼2014-10-20 08:36:49
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qiangwxr

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dy6911376 at 2014-10-17 15:08:26
剩余部分如何固定？...

你自己设定啊，比如某某基团，与亲水基团构成一个完整的分子。
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dy6911376 dy6911376
7楼2014-10-20 08:37:59
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dy6911376

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by qiangwxr at 2014-10-20 08:36:49
Energy是计算当前结构的能量，Geo Opt是优化当前结构，寻找最低能量的结构。帮助文件好好看一下...

对不起，这两个最基本的概念竟然没有区分开来。谢谢您的解答。送红花一朵，表示谢意！
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8楼2014-10-20 22:31:22
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dy6911376

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by qiangwxr at 2014-10-20 08:37:59
你自己设定啊，比如某某基团，与亲水基团构成一个完整的分子。...

其实这个我还真是不懂。。。还望您能解答一下。。回复的时候记得应助。要不我没办法给金币感谢你，只能送红花表达谢意了。

我的意思是；比如构建一个-COOH基团，这个官能团的化学键“-”如何表现出来。您说是固定其他部分，只把这个官能团拿出来计算模拟。我觉得这是非常正确的，因为单独的官能团根本不知道和他连接的主体和他之间是什么相互作用，这会显示不同的性质。
现在我不懂的是，确实不知道怎么才能固定主体，留下官能团来计算模拟。。。具体操作步骤大概如何呢？
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9楼2014-10-20 22:36:57
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dy6911376

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by qiangwxr at 2014-10-20 08:37:59
你自己设定啊，比如某某基团，与亲水基团构成一个完整的分子。...

看了一下您的小木虫竟然是04年就注册了，算下来到现在是十年了！！！！！木虫大神级别的老人啊！！！想必现在工作中也是专家领域权威吧。！！！我现在研三正在找工作，做模拟经历明显不够用感觉。。。不知道能不能和您深入交流一下工作的事情。。。。
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10楼2014-10-20 22:40:36
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