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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] 有没有计算吸收光谱半峰宽的经验公式已有1人参与

最近做了一下取代基效应对共轭骨架吸收光谱的影响,文献报道引入X可使吸收红移,并且光谱展宽。我现在可以做出红移,展宽高斯做不了好像,只能画光谱的时候设定FWHM数值。我想请教一下,有没有可以预测帮峰宽的经验的或者简单实用的公式?万分感激!!
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奋斗中的小木虫
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengsk: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-10-15 08:29:08
gmy1990: 金币+5 2014-10-16 05:01:47
本质上讲,高斯的正则模式分析不能计算红外峰宽,它得到的永远是谱线。为什么呢?因为它的计算基于单个构型(最优构象的基态ground state), 而实际谱线变宽(broadening/diffusing),是分子、原子相互作用、运动导致在不同构型上吸收的结果,这从单个构型计算是无法得到的。

谱线变宽有多种原因,多普勒效应,杂质效应,量子效应(不确定原理), 压力效应。具体到你的体系,如果引入一个基团,导致骨架某个模式的吸收变宽,很可能是这个基团是吸电子的,弱化了骨架的共轭性能,破坏了骨架的刚性,而柔性的分子有更大的可能在热作用之下呈现更多的构型,从而使谱线变宽。由于峰带的宽度与温度、分子偶极变化有关, 而且对环境以及测量参数极为敏感,因此不太可能有任何理论能够预测这个宽度。(c.f. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21165017

有一种方法能够模拟特定温度下的红外光谱,就是分子动力学方法,即系综平均法。这种方法能够得到峰带band。这种方法通过对体系的总偶极的自相关函数的傅里叶变换得到吸收光谱,前提是你需要跑一个从头算分子动力学,还要计算每一步的总偶极,最后的傅里叶变换也需要特定的code,略微麻烦,感觉你犯不着去趟那趟浑水。
2楼2014-10-15 05:52:30
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-10-15 05:52:30
本质上讲,高斯的正则模式分析不能计算红外峰宽,它得到的永远是谱线。为什么呢?因为它的计算基于单个构型(最优构象的基态ground state), 而实际谱线变宽(broadening/diffusing),是分子、原子相互作用、运动导 ...

是啊,你说的这种方法过于复杂,短时间难以掌握。如果有对半峰宽的经验的校正因子就好了,如你所说的各种影响因素:骨架刚性的破坏柔性的增大等。(比如说会导致FWHM变为原来的1.2倍)。
奋斗中的小木虫
3楼2014-10-15 08:32:26
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-10-15 05:52:30
本质上讲,高斯的正则模式分析不能计算红外峰宽,它得到的永远是谱线。为什么呢?因为它的计算基于单个构型(最优构象的基态ground state), 而实际谱线变宽(broadening/diffusing),是分子、原子相互作用、运动导 ...

是不是有可能,X的引入,增加了振动态的数目和各个振动态之间的能量差,从而增大了某个吸收峰的半峰宽?
奋斗中的小木虫
4楼2014-10-15 08:34:05
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by mengsk at 2014-10-14 12:34:05
是不是有可能,X的引入,增加了振动态的数目和各个振动态之间的能量差,从而增大了某个吸收峰的半峰宽?...

是的,你说的也是一个重要原因。
5楼2014-10-15 12:12:02
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mengsk

金虫 (著名写手)

有个经验的校正因子是最省事儿的办法,如果有文献的话。
奋斗中的小木虫
6楼2014-10-15 16:25:18
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-10-15 05:52:30
本质上讲,高斯的正则模式分析不能计算红外峰宽,它得到的永远是谱线。为什么呢?因为它的计算基于单个构型(最优构象的基态ground state), 而实际谱线变宽(broadening/diffusing),是分子、原子相互作用、运动导 ...

高手,又学到了很多。

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2014-10-17 21:33:49
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