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天道酬勤sure

木虫 (小有名气)

[求助] 求高手指导这种情况,解出的无序氧原子形成的氢键如何画图?已有1人参与

如题,得到一个结构,在mercury里面一个甲醇中无序的两个氧原子连接在一起如图所示,占有率低的氧原子O5‘与另外一个甲醇氧原子O7形成2A左右的氢键,而占有率高的O5与O7的距离是4A左右。这种情况怎么用diamond画图?

求高手指导这种情况,解出的无序氧原子形成的氢键如何画图?
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求高手指导这种情况,解出的无序氧原子形成的氢键如何画图?-1
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jackdeng

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【答案】应助回帖

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在diamond中将无序的部分屏蔽掉(通过filter功能就能实现),用占有率较大的部分做氢键图就行了。
2楼2014-10-08 16:22:47
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天道酬勤sure

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jackdeng at 2014-10-08 16:22:47
在diamond中将无序的部分屏蔽掉(通过filter功能就能实现),用占有率较大的部分做氢键图就行了。

那样的话距离会很长,形成的氢键有4A左右,这样可以么?
3楼2014-10-08 17:50:36
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

4埃不能算作是氢键,那你就留下氢键合理的那部分,因为原子的无序会造成氢键的变化,所以,讨论氢键没有太大的实际意义。
4楼2014-10-09 09:03:33
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