应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用Python读Gaussian的cube文件，速度很慢，怎么破？谢谢！！！
51/1返回列表
查看: 2106  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[求助] 用Python读Gaussian的cube文件，速度很慢，怎么破？谢谢！！！ 已有4人参与

向各位python大侠求教一个问题，谢谢各位！
我正在用python读一个由Gaussian生成的cube文件。但是读文件读得非常慢，读一个6M多的cube文件，居然用了3分钟！

具体问题如下：
用cubefile来打开某个cube文件。然后继续
CODE:
    tmpcubedata = [] !先设一个空列表，待会儿用来存储数据
    tmpcubedata = tmpcubedata + tmpline.split() !tmpline是用来存储某一行的数据的。由于先前已经经过了多次tmpline.split()之后，实际上现在的tmpline存储的就是我已经想要的那些数据的第一行了。所以，先读一下并存入tmpcubedata中。
    i = 1 !这是个计数器。每读一行数据就加1
    tmplines=cubefile.readlines() !把剩下的行全读进来
    for i in range(1,linecount): !linecount就是应该读入的cube文件中数据部分的总行数，一般来说，Gaussian生成的cube文件中，如果生成过程全默认，那么cube文件的数据部分应该是8-9万行的样子。大部分行，每行有6个数字（大概95%的行是这样的），但也不排除只有1-5个数字的情况（大概5%的行是这样的）。
        tmpline = tmplines[i-1] !从tmplines中获得某一行
        if tmpline == 'EOF' : break
        if tmpline == [] : break
        if tmpline == None : break
        if i == linecount: break !如果计数器i达到了总行数，就不读了
        if i%10000 == 0: print "Converting", cubefilename, "......  ", int(100.0*float(i)/float(linecount)), "%" !每读一万行数据，就显示一个进度百分比
        if i == linecount-1 : print "Converting", cubefilename, "...... ", "100 %" !读到最后一行数据的时候，就显示一个百分之百
        i = i+1
        tmpcubedata = tmpcubedata + tmpline.split() !将读进来的数据存入tmpcubedata中

我怀疑tmpline = tmplines[i-1]这句话拖累的速度？应该如何修改？非常感谢高手帮助！！
感谢！！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

SOB 集锦 经验 杂书

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-04 11:04:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

两粒一起吃

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yjcmwgk: 金币+10, ★有帮助, 非常感谢，我后来用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解决了 2014-10-05 16:10:53
gmy1990: 金币+3 2014-10-05 18:50:03
你的代码不pythonic，不易读也很低效，
这里给个例子，不知道是不是你要的功能

def readcube(cubefile):
    cubedata = []
    with open(cubefile) as f:
        lines = f.readlines()  #  if cubefile is large, read it in streaming or blocks
        # handle headers here
        for line in lines[2:]:
            for item in line.split():
                cubedata.append(eval(item))
    return cubedata

if __name__ == '__main__':
    testfile = 'test.cube'
    data = readcube(testfile)
    print(len(data))
    print(data[:10])
    print(data[-10:])
赞一下 回复此楼
9楼2014-10-05 15:29:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
cube文件的基本结构举例如下
CODE:
Title Card Required mo=1
MO coefficients
   -1   -2.916225   -2.916225   -2.916225
   80    0.073828    0.000000    0.000000
   80    0.000000    0.073828    0.000000
   80    0.000000    0.000000    0.073828
    2    2.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    1    1
  7.36784E-05  8.36290E-05  9.46155E-05  1.06698E-04  1.19934E-04  1.34374E-04
  1.50064E-04  1.67044E-04  1.85341E-04  2.04976E-04  2.25955E-04  2.48274E-04
  2.71913E-04  2.96838E-04  3.22995E-04  3.50318E-04  3.78721E-04  4.08098E-04
  4.38328E-04  4.69271E-04  5.00768E-04  5.32647E-04  5.64718E-04  5.96779E-04
  6.28614E-04  6.60000E-04  6.90707E-04  7.20497E-04  7.49136E-04  7.76386E-04
  8.02019E-04  8.25811E-04  8.47551E-04  8.67043E-04  8.84107E-04  8.98583E-04
  9.10334E-04  9.19248E-04  9.25239E-04  9.28250E-04  9.28250E-04  9.25239E-04
  9.19248E-04  9.10334E-04  8.98583E-04  8.84107E-04  8.67043E-04  8.47551E-04
  8.25811E-04  8.02019E-04  7.76386E-04  7.49136E-04  7.20497E-04  6.90707E-04
  6.60000E-04  6.28614E-04  5.96779E-04  5.64718E-04  5.32647E-04  5.00768E-04
  4.69271E-04  4.38328E-04  4.08098E-04  3.78721E-04  3.50318E-04  3.22995E-04
  2.96838E-04  2.71913E-04  2.48274E-04  2.25955E-04  2.04976E-04  1.85341E-04
  1.67044E-04  1.50064E-04  1.34374E-04  1.19934E-04  1.06698E-04  9.46155E-05
  8.36290E-05  7.36784E-05
  8.36290E-05  9.49233E-05  1.07394E-04  1.21108E-04  1.36131E-04  1.52521E-04
  1.70331E-04  1.89603E-04  2.10372E-04  2.32658E-04  2.56471E-04  2.81805E-04
  3.08636E-04  3.36926E-04  3.66617E-04  3.97630E-04  4.29868E-04  4.63213E-04
下面还有八万多行，略了

对于这个cube文件来说，从第9行开始是第一个数据行，直到文件结束。值得注意的是，绝大多数数据行，每行有6个数字，但第22行就只有2个数字了。
赞一下 回复此楼
2楼2014-10-04 11:08:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

frk2008

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yjcmwgk: 金币+20, ★有帮助, 非常感谢，我后来用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解决了 2014-10-05 16:10:10
gmy1990: 金币+3 2014-10-05 18:49:03
试试这个，看看效果如何：

[ code]

tmplines = cubefile.readlines()  
tempstr = "".join(tmplines)             #把list转化为str，形式应该是'num  num  ...num\nnum  ...'
tempstr = tempstr.replace('\n','  ')    #把str中的'\n'替换为'  '
tmpcubedata = tempstr.split('  ')       #把str转为list
n=0
numcount=len(tmpcubedata)               #list的数据总数
for i in tmpcubedata:
    n+=1
    if i%60000==0:
        print "Converting", cubefilename, "......  ", int(100.0*float(i)/float(numcount)), "%"
    #if i=="":
        #tmpcubedata.remove(i)          #如果cubefile 文件中中间有空行，则需要这个功能
if tmpcubedata[-1]=="":
    del tmpcubedata[-1]                 #如果cubefile 文件以‘num\n‘结尾
print "Converting", cubefilename, "...... ", "100 %"

[ /code]
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-04 15:23:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rh1127

捐助贵宾 (著名写手)

一名工程师@上海

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yjcmwgk: 金币+20, ★有帮助, 非常感谢，我后来用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解决了 2014-10-05 16:10:21
gmy1990: 金币+2 2014-10-05 18:49:14
用numpy和pandas模块儿来处理大型数组，比只用for循环速度快几十倍不止。python自带的循环未经优化，很忌讳来处理大型数组！
希望对你有帮助。
赞一下 回复此楼
Actionnoworachievenever!
4楼2014-10-05 09:21:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +3 脱颖而出 2026-03-16 6/300 2026-03-17 21:19 by z1z2z3879
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 化学工程321分求调剂 +11 大米饭！ 2026-03-15 14/700 2026-03-17 17:11 by ruiyingmiao
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 8/400 2026-03-17 16:57 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 化学调剂0703 +8 啊我我的 2026-03-11 8/400 2026-03-16 17:23 by 我的船我的海
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭