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敏sunflower金虫 (小有名气)
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[求助]
计算扩散系数 已有2人参与
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初学模拟，急需各位大侠的帮助！ 我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下 模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析 （1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？ （2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大 面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？   |
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你好，我想请问一下，跑分子动力学的时候，240K的初试结构是不是应该是230K的最后一帧？还是说优化过了的结构可以直接进行不同温度下的分子动力学的模拟？ 发自小木虫Android客户端 |
28楼2016-04-25 17:47:59
感谢参与，应助指数 +1
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2楼2014-10-01 07:14:49
★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
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3楼2014-10-01 07:22:17
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
4楼2014-10-01 09:21:14