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敏sunflower

金虫 (小有名气)

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性别: MM
专业: 化学反应工程

[求助] 计算扩散系数已有2人参与

初学模拟，急需各位大侠的帮助！
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下
模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
（1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？
（2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？

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1楼 2014-09-30 16:53:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

Awcse

新虫 (小有名气)

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专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

引用回帖:

5楼: Originally posted by lsloneil at 2014-10-01 13:25:26
聚合物中如果有孔洞的话，严格意义上来讲粒子在孔洞中的扩散是受限的。所以会出现粒子长时间只在某个区域的孔洞中运动的情况，这样的话如果你从不同的初始条件开始而采样时间不够长的话，采集到的MSD只是粒子在某个 ...

你好，看你做的是化学方面的计算，不知道周期性的晶体是否可以做某种离子迁移情况的模拟和计算，比如锂电池中锂离子的计算。我想统计他的MSD来表征其迁移的能力，不知道您是否有什么高见，还望不吝赐教，谢谢