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敏sunflower

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[求助] 计算扩散系数已有2人参与

初学模拟，急需各位大侠的帮助！
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下
模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
（1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？
（2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？

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1楼 2014-09-30 16:53:10

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敏sunflower

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引用回帖:

11楼: Originally posted by wangfei天空 at 2014-11-23 16:39:40
您好请问您计算扩散系数用的是forcite还是discover呢我已经用sorption做完了两种分子AB在孔隙中的吸附下面要进行AB各自扩散系数的计算现在正在看各个帖子学习怎样计算扩散有几个问题希望得到您的帮助
...

你好！由于我做的是聚合物吸附带苯环的较大分子，聚合物密度在1g/cm3左右，此时，用sorption模块吸附不上去，就没有做吸附过程。直接做的扩散，扩散模型中A、B分子的数量，是根据聚合物分子对A、B的饱和吸附量确定的。
计算扩散系数的话，forcite和discover都可以；
至于你提的第二个问题，我没有看懂；
第三个问题，我做NPT是因为建立初始模型的密度比实验值低很多，所以要通过NPT来增大模型密度。当密度达平衡后，还有通过NVT进行300PS的弛豫，此时能量已达到平衡，这样就进一步用NVT，相当于收集计算扩散系数的数据；
第四个问题，我的服务器24核，使用23核进行NVT的话，总原子数7000左右，需要接近80小时；