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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 散金币 求助解析 肽 的maldi-tof二级质谱的氨基酸序列 分量是1044
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mingimng605

新虫 (初入文坛)

[求助] 散金币 求助解析 肽 的maldi-tof二级质谱的氨基酸序列 分量是1044 已有3人参与

真心求助大家，我的分离纯化的一个多肽，maldi-tof 得到的二级质谱，想要分析得到其多肽的氨基酸序列，但是我研究了好久也没有解出来，麻烦各位专家帮我分析一下，我将仅有的100金币散给大家，就靠着这个序列毕业呢  ，拜托了   。
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    • 2014-09-21 09:07:47, 126.06 K

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1楼 2014-09-21 09:08:39
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
为什么不用现成的搜索引擎？一定要手工读谱吗？
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2楼2014-09-21 09:35:50
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mingimng605

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-09-21 09:35:50
为什么不用现成的搜索引擎？一定要手工读谱吗？

嗯？不知道有那种可以直接搜索的啊 因为我是鉴定未知的新肽，不知道在哪种搜索引擎可以解析，麻烦你请赐教 谢谢
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3楼2014-09-21 10:42:53
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_mass_spectrometry_software

你主要看1.2 de novo。其实1.1 database search也可以做做
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4楼2014-09-22 06:59:41
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mingimng605

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2014-09-22 06:59:41
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_mass_spectrometry_software

你主要看1.2 de novo。其实1.1 database search也可以做做

还想请教您一下我看了一下 这个网站好像只是介绍 了这些软件 它好像不能在线应用是吧  需要 在赵地方下载？ 麻烦了  以前没接触过这方面的东西  不太懂
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5楼2014-09-22 10:49:40
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goldendays

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
光靠二级碎片还不能分析出完整序列，比如其中一个113的差值，可能是L也可能是I。
建议你先做一个氨基酸分析或者N/C端测序，如果需要出具权威报告的，建议你找有CNAS或CMA的机构做。如果只是需要图谱的，校内应该都可以做的吧。
当然知道了氨基酸组成也不够，组成的可能是D/L型氨基酸，你还得确定各氨基酸的构型。这个是难点。有机构能测，但要价太高。
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6楼2014-09-22 17:11:13
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goldendays

木虫 (小有名气)
天然产物中分离出的多肽你应该先试试搜索引擎
搜不到再解谱吧
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7楼2014-09-22 17:12:40
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mingimng605

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by goldendays at 2014-09-22 17:11:13
光靠二级碎片还不能分析出完整序列，比如其中一个113的差值，可能是L也可能是I。
建议你先做一个氨基酸分析或者N/C端测序，如果需要出具权威报告的，建议你找有CNAS或CMA的机构做。如果只是需要图谱的，校内应该都 ...

好的   谢谢您的建议 我在继续研究一下
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8楼2014-09-24 16:00:53
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ritchiejin

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你用的flexanalysis就可以解析了啊，annotation里面的A工具可以找的，或者先用biotools的denovo试一试。
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9楼2014-11-13 13:53:45
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