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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » Genome Walking 的准确性,片段连接上但不一定是对的?
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succre

新虫 (初入文坛)

[交流] Genome Walking 的准确性,片段连接上但不一定是对的?

最近做染色体步移扩增未知序列,出现一些匪夷所思的问题想和各位高手探讨一下.
比如通过TAKARA walking的试剂盒扩增出来的两个片段能与已知的片段拼接上(至少160+bp是重的),按道理这两个片段都是对的,但这两个片段(长度不一样)进行比对的时候,可能前面400是重叠的后面就不一样了,还有的是只有中间不对,还有的是只与原已知序列拼接上的那部分序列是重叠的,后面就不对了...
  不知道这是什么情况,现在怀疑walking的准确性,到底得到的哪个片段才是真的?
                                不知道我讲清楚没有,希望有高手能够解答一下

Genome Walking 的准确性,片段连接上但不一定是对的?
walking 序列对比图.PNG
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1楼 2014-09-20 16:00:40
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Cynthiaxin

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也遇到这样的情况，同问
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2楼2014-09-21 02:00:34
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婷宝宝2013

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
hello，楼主解决了吗？我最近也在扩，但怎么也扩不出来。扩出来的不同片段DNA去测序与已经序列的末端比对，都比对不上。只有设计的引物那20多个bp一样，前面距离位置序列100多个bp完全不匹配，想请教请教你如何解决~
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3楼2018-05-03 14:49:06
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一叶知秋365

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 婷宝宝2013 at 2018-05-03 14:49:06
hello，楼主解决了吗？我最近也在扩，但怎么也扩不出来。扩出来的不同片段DNA去测序与已经序列的末端比对，都比对不上。只有设计的引物那20多个bp一样，前面距离位置序列100多个bp完全不匹配，想请教请教你如何解决~

你的估计是P出来错误序列了，楼主的那个可能是两个同源基因。建议你重新做吧，takara genmone walking克隆需要运气，重点在于引物的设计，还有一些其他的克隆方法你可以试试，

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4楼2018-05-03 17:40:02
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