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succre

新虫 (初入文坛)

[交流] Genome Walking 的准确性,片段连接上但不一定是对的?

最近做染色体步移扩增未知序列,出现一些匪夷所思的问题想和各位高手探讨一下.
比如通过TAKARA walking的试剂盒扩增出来的两个片段能与已知的片段拼接上(至少160+bp是重的),按道理这两个片段都是对的,但这两个片段(长度不一样)进行比对的时候,可能前面400是重叠的后面就不一样了,还有的是只有中间不对,还有的是只与原已知序列拼接上的那部分序列是重叠的,后面就不对了...
  不知道这是什么情况,现在怀疑walking的准确性,到底得到的哪个片段才是真的?
                                不知道我讲清楚没有,希望有高手能够解答一下

Genome Walking 的准确性,片段连接上但不一定是对的?
walking 序列对比图.PNG
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一叶知秋365

新虫 (小有名气)


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引用回帖:
3楼: Originally posted by 婷宝宝2013 at 2018-05-03 14:49:06
hello,楼主解决了吗?我最近也在扩,但怎么也扩不出来。扩出来的不同片段DNA去测序与已经序列的末端比对,都比对不上。只有设计的引物那20多个bp一样,前面距离位置序列100多个bp完全不匹配,想请教请教你如何解决~

你的估计是P出来错误序列了,楼主的那个可能是两个同源基因。建议你重新做吧,takara genmone walking克隆需要运气,重点在于引物的设计,还有一些其他的克隆方法你可以试试,

发自小木虫Android客户端
4楼2018-05-03 17:40:02
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Cynthiaxin

金虫 (小有名气)


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我也遇到这样的情况,同问
2楼2014-09-21 02:00:34
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婷宝宝2013

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
hello,楼主解决了吗?我最近也在扩,但怎么也扩不出来。扩出来的不同片段DNA去测序与已经序列的末端比对,都比对不上。只有设计的引物那20多个bp一样,前面距离位置序列100多个bp完全不匹配,想请教请教你如何解决~
3楼2018-05-03 14:49:06
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