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wungung

金虫 (初入文坛)

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[求助] 请教！关于Gromacs计算分子内两个官能团之间距离的问题

请教各位一个问题呐！我想算一个分子中两个官能团之间的距离，就是两个官能团质心之间的距离。

我先建了一个ndx文件，将两个官能团分别划成了一个group。
然后用命令g_dist -f .xtc -n .ndx -s .tpr -o .xvg -intra（因为是只算分子内的）。
之后选择了我要算得两个group。

可是为什么我算出来的xvg文件中的距离都不合理呀？浮动很大而且和理论值差了一个数量级。。哪位高人能够帮帮我，这个问题在哪里呀？

g_dist这个命令手册里面说是依据时间算的，可是我只是想算每个分子内这两个官能团间的距离，不涉及到时间呐……是不是我选错命令了呢……

这个应该不能用g_bond吧？两个group之间是没有bond的呢。。。。。

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