| 查看: 2355 | 回复: 4 | |||
yiren98木虫 (正式写手)
|
[求助]
蛋白组学实验中，蛋白鉴定需要搜库，如何下载NCBI nr-Green plant数据库 已有1人参与
|
抱歉，以前在线mascot的时候可以选择NCBInr数据库，现在换了地方做蛋白组，需要下载到本地建库。。我在NCBI网站找了半天，不知道如何下载绿色植物总库？特向大神求教， |
回复此楼» 猜你喜欢
本人女孩
已经有10人回复
-
二苯甲酮酸类衍生物
已经有4人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有11人回复
-
294求调剂
已经有6人回复
-
335求调剂
已经有23人回复
-
279求调剂
已经有13人回复
-
304求调剂
已经有6人回复
-
322求调剂
已经有3人回复
-
271求调剂
已经有39人回复
-
收到复试调剂但是去不了
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NCBI中的蛋白序列与基因序列不对应
已经有3人回复
- 想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊
已经有15人回复
- 【求助/交流】如何向NCBI上传蛋白质序列
已经有5人回复
hwd6218554
金虫 (著名写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 34.2
- 散金: 806
- 红花: 19
- 帖子: 1998
- 在线: 848.3小时
- 虫号: 396301
- 注册: 2007-06-08
- 性别: GG
- 专业: 功能陶瓷
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yiren98: 金币+10, ★★★很有帮助, 感谢，我知道库挺大的。 2014-10-04 09:56:03
yiren98: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-10-04 15:19:05
yiren98: 金币+10, ★★★很有帮助, 感谢，我知道库挺大的。 2014-10-04 09:56:03
yiren98: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-10-04 15:19:05
| http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxo ... de=1&unlock 这个地方可以下载，但是绿色植物蛋白库很大，你下载过程中可能会中断；也可以通过FTP下载，但如果你没有搜库软件的话也没必要下载的。 |
2楼2014-10-03 20:02:01
yiren98
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1727.5
- 散金: 2427
- 红花: 6
- 帖子: 478
- 在线: 530.3小时
- 虫号: 820129
- 注册: 2009-08-01
- 性别: GG
- 专业: 植物生理与生化
|
有搜库软件，如果用ftp下载，我没找到单独的绿色植物总库啊，是不是下载所有的nr库，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/，在这个里面下载nr.gz？谢谢 |
3楼2014-10-04 09:55:44
hwd6218554
金虫 (著名写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 34.2
- 散金: 806
- 红花: 19
- 帖子: 1998
- 在线: 848.3小时
- 虫号: 396301
- 注册: 2007-06-08
- 性别: GG
- 专业: 功能陶瓷
|
nr.gz 这个是NCBI蛋白质全库，ftp内确实没有按照物种进行分类。如果你要通过ftip下载绿色植物的库就需要下载全库，如果你的物种不是很特殊的话，不要用NCBI的库，NCBI的库量虽然大但是冗余库，建议你去下载uniprot的数据库，质量很高，http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_sprot.html。 |
4楼2014-10-04 15:01:12
5楼2015-01-05 10:36:51
5