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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » [求助]gauss怎么让输入是有对称性的？
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spkeey

金虫 (正式写手)

[交流] [求助]gauss怎么让输入是有对称性的？

难道必须使数据完全对称一致才可以阿？
我有个分子，gjf文件是从cif晶体结构文件中提取的，为D2。但是数据间肯定是不能达到完全对称了，但是相差极小，结果Gauss就判定为C1？？？？？？？

解释：
例如 CO2
    C    0    0   0
    O    0    1   0
    O    0   -1   0
那我如果输入：
    C    0    0   0
    O    0    1   0
    O    0   -1.00001   0
====================
就不对了阿？

我的初始结构是从实验中得到的，肯定不可能完全一致阿！
如果要手动画的话，有分子80个原子，虽然可以只画一部分，但是一是很麻烦，二是我的ChemOffice和GaussView用的不好啊？谁能告诉我，画完一半，另一半怎么生成？拷贝的话，位置是错的，调整坐标很难啊！！！！！

[ Last edited by spkeey on 2008-4-21 at 10:45 ]
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SPKEEY
1楼 2008-04-21 10:44:41
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SHY31

至尊木虫 (知名作家)

小木虫研究生院西南地区区长

优秀版主
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
spkeey(金币+2,VIP+0):Be Easy
Gaussianview是最容易的了

怎么会用不好

就跟画图软件最简单的一样的

你 宁愿去输入高斯那些鬼内坐标

也不愿意用画图画啊 ？？

建议你还是学Gaussianview吧

你算大体系的话还是要用的！！！！！
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小木虫研究生院
2楼2008-04-21 12:44:00
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zhaohuxian

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
Gaussview里面edit－point group，里面能够对体系施加对称性
或者在Gaussian的输入文件里也可以用关键字Symmetry来施加对称性

[ Last edited by zhaohuxian on 2008-4-21 at 13:07 ]
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3楼2008-04-21 12:58:16
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spkeey

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhaohuxian at 2008-4-21 12:58:
Gaussview里面edit－point group，里面能够对体系施加对称性
或者在Gaussian的输入文件里也可以用关键字Symmetry来施加对称性

[ Last edited by zhaohuxian on 2008-4-21 at 13:07 ]

问题是，是个combobox ，list里没有的不能用阿？
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SPKEEY
4楼2008-04-23 10:46:40
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zhaohuxian

木虫 (正式写手)
★ ★
spkeey(金币+1,VIP+0):谢谢
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
那能不能试一下把tolerance放松一点，用loose（0.1）或者更松的very loose（0.3）。或者直接在高斯的输入文件里用Symmetry来加对称性
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5楼2008-04-23 13:48:46
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
spkeey(金币+2,VIP+0):xiexie已经解决了
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
一般情况下，用gaussView clean一下，再识别其对称性，会好一些，当然有时候我们并不希望clean。你也可以尝试下放宽gaussian的对称性识别，在route 中加入iop(2/17=n, 2/18=m). 其中n,m都为数字，一般取1-8， 取1的时候， 对称性识别的tolerance是0.1， 2的时候为0.01，其中2/17指对长度tolerance，2/18指对角度tolerance。 如果还不行的话，就要使用其它的软件了，我用过gaussview的对称性设置，有时不是很好用，特别是对大的分子，我现在用自己的写的软件，对付300个原子内的分子, 你可以把结构发给我，我帮你调整，我的邮箱是jjf_sxtu@yahoo.com.cn。 我很少用QQ不过，还是有个QQ号826316062（moonshine）。

[ Last edited by jjf_sxnu on 2008-4-23 at 21:19 ]
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6楼2008-04-23 20:32:00
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