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spkeey

金虫 (正式写手)

[交流] [求助]gauss怎么让输入是有对称性的?

难道必须使数据完全对称一致才可以阿?
我有个分子,gjf文件是从cif晶体结构文件中提取的,为D2。但是数据间肯定是不能达到完全对称了,但是相差极小,结果Gauss就判定为C1???????

解释:
例如 CO2
    C    0    0   0
    O    0    1   0
    O    0   -1   0
那我如果输入:
    C    0    0   0
    O    0    1   0
    O    0   -1.00001   0
====================
就不对了阿?

我的初始结构是从实验中得到的,肯定不可能完全一致阿!
如果要手动画的话,有分子80个原子,虽然可以只画一部分,但是一是很麻烦,二是我的ChemOffice和GaussView用的不好啊?谁能告诉我,画完一半,另一半怎么生成?拷贝的话,位置是错的,调整坐标很难啊!!!!!

[ Last edited by spkeey on 2008-4-21 at 10:45 ]
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SPKEEY
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SHY31

至尊木虫 (知名作家)

小木虫研究生院西南地区区长

优秀版主

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
spkeey(金币+2,VIP+0):Be Easy
Gaussianview是最容易的了

怎么会用不好

就跟画图软件最简单的一样的

你 宁愿去输入高斯那些鬼内坐标

也不愿意用画图画啊 ??

建议你还是学Gaussianview吧

你算大体系的话还是要用的!!!!!
小木虫研究生院
2楼2008-04-21 12:44:00
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zhaohuxian

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
Gaussview里面edit-point group,里面能够对体系施加对称性
或者在Gaussian的输入文件里也可以用关键字Symmetry来施加对称性

[ Last edited by zhaohuxian on 2008-4-21 at 13:07 ]
3楼2008-04-21 12:58:16
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spkeey

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zhaohuxian at 2008-4-21 12:58:
Gaussview里面edit-point group,里面能够对体系施加对称性
或者在Gaussian的输入文件里也可以用关键字Symmetry来施加对称性

[ Last edited by zhaohuxian on 2008-4-21 at 13:07 ]

问题是,是个combobox ,list里没有的不能用阿?
SPKEEY
4楼2008-04-23 10:46:40
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zhaohuxian

木虫 (正式写手)

★ ★
spkeey(金币+1,VIP+0):谢谢
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
那能不能试一下把tolerance放松一点,用loose(0.1)或者更松的very loose(0.3)。或者直接在高斯的输入文件里用Symmetry来加对称性
5楼2008-04-23 13:48:46
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
spkeey(金币+2,VIP+0):xiexie已经解决了
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
一般情况下,用gaussView clean一下,再识别其对称性,会好一些,当然有时候我们并不希望clean。你也可以尝试下放宽gaussian的对称性识别,在route 中加入iop(2/17=n, 2/18=m). 其中n,m都为数字,一般取1-8, 取1的时候, 对称性识别的tolerance是0.1, 2的时候为0.01,其中2/17指对长度tolerance,2/18指对角度tolerance。 如果还不行的话,就要使用其它的软件了,我用过gaussview的对称性设置,有时不是很好用,特别是对大的分子,我现在用自己的写的软件,对付300个原子内的分子, 你可以把结构发给我,我帮你调整,我的邮箱是jjf_sxtu@yahoo.com.cn。 我很少用QQ不过,还是有个QQ号826316062(moonshine)。

[ Last edited by jjf_sxnu on 2008-4-23 at 21:19 ]
6楼2008-04-23 20:32:00
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