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spkeey金虫 (正式写手)
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[交流]
[求助]gauss怎么让输入是有对称性的？
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难道必须使数据完全对称一致才可以阿？ 我有个分子，gjf文件是从cif晶体结构文件中提取的，为D2。但是数据间肯定是不能达到完全对称了，但是相差极小，结果Gauss就判定为C1？？？？？？？ 解释： 例如 CO2 C 0 0 0 O 0 1 0 O 0 -1 0 那我如果输入： C 0 0 0 O 0 1 0 O 0 -1.00001 0 ==================== 就不对了阿？ 我的初始结构是从实验中得到的，肯定不可能完全一致阿！ 如果要手动画的话，有分子80个原子，虽然可以只画一部分，但是一是很麻烦，二是我的ChemOffice和GaussView用的不好啊？谁能告诉我，画完一半，另一半怎么生成？拷贝的话，位置是错的，调整坐标很难啊！！！！！ [ Last edited by spkeey on 2008-4-21 at 10:45 ] |
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spkeey(金币+2,VIP+0):xiexie已经解决了
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
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一般情况下，用gaussView clean一下，再识别其对称性，会好一些，当然有时候我们并不希望clean。你也可以尝试下放宽gaussian的对称性识别，在route 中加入iop(2/17=n, 2/18=m). 其中n,m都为数字，一般取1-8， 取1的时候， 对称性识别的tolerance是0.1， 2的时候为0.01，其中2/17指对长度tolerance，2/18指对角度tolerance。 如果还不行的话，就要使用其它的软件了，我用过gaussview的对称性设置，有时不是很好用，特别是对大的分子，我现在用自己的写的软件，对付300个原子内的分子, 你可以把结构发给我，我帮你调整，我的邮箱是jjf_sxtu@yahoo.com.cn。 我很少用QQ不过，还是有个QQ号826316062（moonshine）。 [ Last edited by jjf_sxnu on 2008-4-23 at 21:19 ] |
6楼2008-04-23 20:32:00