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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Wien2k&FLAPW&ELK » mpiifort+mkl编译ELK运行问题求助
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

[求助] mpiifort+mkl编译ELK运行问题求助 已有1人参与

本人编译ELK，采用的是mpiifort（v11）+mkl（v10.2），编译过程没什么问题。问题在于运行过程，我尝试运行了test-001下面例子，计算得到的能量似乎和程序得到的能量有很大差异，如果不采用mkl而采用内置的lib就没有这个问题，但核心利用效率很低（程序如不考虑mkl_thread会按照k并行，如果采用mkl_thread则可以提升效率）。

另外，vasp采用mkl有时也会出现“正能值”的问题。这两个问题是否同一原因导致？（测试下来SIESTA并没有这样的问题）。

对于这些问题有什么解决方案？产生这些问题的原因是什么？从这个问题看，如果是自己写程序该注意些什么？
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1楼 2014-09-12 00:42:45
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+5, 谢谢补充 2014-09-12 14:40:02
问题已经解决， zfftifc_fftw.f90用mkl编译会出问题，不采用mkl即可。

非k点并行fft_lib用-lfftw3和-lfftw3_threads即可，编译前做如下设置（参照官网以12核心为例）：
export OMP_NUM_THREADS=4
export OMP_NESTED=true
export OMP_DYNAMIC=false
export MKL_NUM_THREADS=8
export MKL_DYNAMIC=true
这样即便gamma点也可以并行。
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3楼2014-09-12 13:55:02
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
卡开发发: 金币+30, ★★★★★最佳答案, ELK下zfftifc_fftw.f90和mkl的选项两者似乎不能同时使用，MKL10有时候确实很不稳定。 2014-09-12 13:58:32
不同版本的MKL的参数会发生一定变化，程序并未修改，这导致有的时候有隐蔽的错误发生——或者对于某些体系有错误发生（内存用量达到一定程度的时候）。
如果算出来和样例不对就肯定有问题，可以尝试换默认LAPACK/BLAS, ATLAS, GotoBLAS等等看看结果有无变化。
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2楼2014-09-12 03:01:08
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
忘说了，计算节点运行的时候也要设置环境
export OMP_NUM_THREADS=4
export OMP_NESTED=true
export OMP_DYNAMIC=false
export MKL_NUM_THREADS=8
export MKL_DYNAMIC=true
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4楼2014-09-12 13:57:05
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
mkl编译要用zfftifc…mkl.f90

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2014-09-12 16:28:26
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