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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？
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cyanobacter

金虫 (小有名气)

[求助] 求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？ 已有2人参与

各位虫友，我最近在分析高通量数据，这些数据中有处理组和对照组的，从sample ID中不能直接区分（因为我的样品全部由1,2,3,4排序的），通过mapping file信息可以分开为Ck和treatment。
我想问的是，通过什么命令可以从我的库序列中分别把treatment和CK的序列提取出来，分别作分析？
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1楼 2014-09-10 22:13:45
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cyanobacter(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-09-11 15:54:52
cyanobacter: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-09-12 19:39:44
我不太理解你的问题，不知道数据的结构是怎样的。你可以截图几组Ck和treatment的数据让我看一下吗？最好是能标明Ck和treatment有差异的地方。
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2楼2014-09-11 08:54:17
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cyanobacter

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-09-11 08:54:17
我不太理解你的问题，不知道数据的结构是怎样的。你可以截图几组Ck和treatment的数据让我看一下吗？最好是能标明Ck和treatment有差异的地方。

就是这样的，我的样品当时测的时候就编号为D1，D2，D3这样，但是，这三个样品分别属于三个不同的处理，如图中mapping file里所示。
得到的高通量数据也是根据编号排的，现在我想做把不同处理的数据分开进行单独分析。我看qiime里有一个filter程序好像是可以剔除不需要的序列，它需要把不需要的序列ID做成一个TXT文件，然后根据TXT文件来剔除序列，但是我做的时候总是报错，总说我的sampleID有问题。
请帮忙看一下，用什么程序可以做这件事，就是从库里提取部分需要的序列生成另外的库，进行分析。
求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？
无标题.png
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3楼2014-09-11 10:48:31
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
cyanobacter(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 15:55:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyanobacter at 2014-09-11 10:48:31
就是这样的，我的样品当时测的时候就编号为D1，D2，D3这样，但是，这三个样品分别属于三个不同的处理，如图中mapping file里所示。
得到的高通量数据也是根据编号排的，现在我想做把不同处理的数据分开进行单独分 ...

你用的是不是unix系统啊？你说的好多名词我都不懂！以你截图的数据为例，我对你的问题是这样理解的：图中表格一共有5列，你希望根据最后一列treatment将表格分成control、treatment1、treatment2这3个部分，每一个部分都保存到新的表格里，分类结果是D1和D5独立成一个文件，D2、6、7、8成另一个文件，其他的再一个文件。如果我理解得没错的话，那我自己会用MySQL或者perl来分类，我不知道你们用什么软件管理数据库的，所以不清楚你所说的代码或者指令。
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4楼2014-09-11 11:29:51
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cyanobacter

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-09-11 11:29:51
你用的是不是unix系统啊？你说的好多名词我都不懂！以你截图的数据为例，我对你的问题是这样理解的：图中表格一共有5列，你希望根据最后一列treatment将表格分成control、treatment1、treatment2这3个部分，每一个 ...

谢谢！对，就是你理解的这样，确实可以用perl来做，不过我不会perl，我用的qiime是一个专门用于分析高通量数据多样性的一个软件包，也是对话框形式来输入指令的。对于不太会语言的人，qiime相对简单一点，我还在摸索间断，所以很多命令不大懂。
如果你会perl，能否用perl编写一个命令把这个分类？我有perl的编译软件，但是不知道怎么写这个命令
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5楼2014-09-11 11:39:27
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
内容已删除
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6楼2014-09-11 12:57:11
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cyanobacter

金虫 (小有名气)
谢谢你能这么帮忙，那我先了解一下MySQL，不过我们实验室还真没有人会这个的，我先琢磨琢磨，有问题再向你请教，谢谢啦！
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7楼2014-09-12 19:38:51
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双螺旋DNA

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

qiime本身有一个命令可以解决这个问题，见下图，好运！
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8楼2014-09-15 17:18:50
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双螺旋DNA

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cyanobacter: 金币+27, ★★★★★最佳答案, 太感谢了！！！我就是想找这个命令。 2014-09-15 17:26:22
引用回帖:
8楼: Originally posted by 双螺旋DNA at 2014-09-15 17:18:50
qiime本身有一个命令可以解决这个问题，见下图，好运！

qiime本身有一个命令可以解决这个问题，见下图，好运！
求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？-1
123F.png
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9楼2014-09-15 17:22:14
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