应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？
91/1返回列表
查看: 1525  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

cyanobacter

金虫 (小有名气)

[求助] 求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？ 已有2人参与

各位虫友，我最近在分析高通量数据，这些数据中有处理组和对照组的，从sample ID中不能直接区分（因为我的样品全部由1,2,3,4排序的），通过mapping file信息可以分开为Ck和treatment。
我想问的是，通过什么命令可以从我的库序列中分别把treatment和CK的序列提取出来，分别作分析？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-09-10 22:13:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cyanobacter(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-09-11 15:54:52
cyanobacter: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-09-12 19:39:44
我不太理解你的问题，不知道数据的结构是怎样的。你可以截图几组Ck和treatment的数据让我看一下吗？最好是能标明Ck和treatment有差异的地方。
赞一下 回复此楼
2楼2014-09-11 08:54:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyanobacter

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-09-11 08:54:17
我不太理解你的问题，不知道数据的结构是怎样的。你可以截图几组Ck和treatment的数据让我看一下吗？最好是能标明Ck和treatment有差异的地方。

就是这样的，我的样品当时测的时候就编号为D1，D2，D3这样，但是，这三个样品分别属于三个不同的处理，如图中mapping file里所示。
得到的高通量数据也是根据编号排的，现在我想做把不同处理的数据分开进行单独分析。我看qiime里有一个filter程序好像是可以剔除不需要的序列，它需要把不需要的序列ID做成一个TXT文件，然后根据TXT文件来剔除序列，但是我做的时候总是报错，总说我的sampleID有问题。
请帮忙看一下，用什么程序可以做这件事，就是从库里提取部分需要的序列生成另外的库，进行分析。
求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？
无标题.png
赞一下 回复此楼
3楼2014-09-11 10:48:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
cyanobacter(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 15:55:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyanobacter at 2014-09-11 10:48:31
就是这样的，我的样品当时测的时候就编号为D1，D2，D3这样，但是，这三个样品分别属于三个不同的处理，如图中mapping file里所示。
得到的高通量数据也是根据编号排的，现在我想做把不同处理的数据分开进行单独分 ...

你用的是不是unix系统啊？你说的好多名词我都不懂！以你截图的数据为例，我对你的问题是这样理解的：图中表格一共有5列，你希望根据最后一列treatment将表格分成control、treatment1、treatment2这3个部分，每一个部分都保存到新的表格里，分类结果是D1和D5独立成一个文件，D2、6、7、8成另一个文件，其他的再一个文件。如果我理解得没错的话，那我自己会用MySQL或者perl来分类，我不知道你们用什么软件管理数据库的，所以不清楚你所说的代码或者指令。
赞一下 回复此楼
4楼2014-09-11 11:29:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyanobacter

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-09-11 11:29:51
你用的是不是unix系统啊？你说的好多名词我都不懂！以你截图的数据为例，我对你的问题是这样理解的：图中表格一共有5列，你希望根据最后一列treatment将表格分成control、treatment1、treatment2这3个部分，每一个 ...

谢谢！对，就是你理解的这样，确实可以用perl来做，不过我不会perl，我用的qiime是一个专门用于分析高通量数据多样性的一个软件包，也是对话框形式来输入指令的。对于不太会语言的人，qiime相对简单一点，我还在摸索间断，所以很多命令不大懂。
如果你会perl，能否用perl编写一个命令把这个分类？我有perl的编译软件，但是不知道怎么写这个命令
赞一下 回复此楼
5楼2014-09-11 11:39:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
内容已删除
回复此楼
6楼2014-09-11 12:57:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyanobacter

金虫 (小有名气)
谢谢你能这么帮忙，那我先了解一下MySQL，不过我们实验室还真没有人会这个的，我先琢磨琢磨，有问题再向你请教，谢谢啦！
赞一下 回复此楼
7楼2014-09-12 19:38:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

双螺旋DNA

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

qiime本身有一个命令可以解决这个问题，见下图，好运！
赞一下 回复此楼
8楼2014-09-15 17:18:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

双螺旋DNA

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cyanobacter: 金币+27, ★★★★★最佳答案, 太感谢了！！！我就是想找这个命令。 2014-09-15 17:26:22
引用回帖:
8楼: Originally posted by 双螺旋DNA at 2014-09-15 17:18:50
qiime本身有一个命令可以解决这个问题，见下图，好运！

qiime本身有一个命令可以解决这个问题，见下图，好运！
求高人指点，用什么命令可以在本地库中提取需要的序列文件？-1
123F.png
赞一下 回复此楼
9楼2014-09-15 17:22:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cyanobacter 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:39 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:51 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:15 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:39 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-18 7/350 2026-09-19 21:03 by 9i7PCSZyMzot
[教师之家] 现代”学阀”该如何界定 +3 iaeyuan 2026-09-19 3/150 2026-09-19 20:52 by 没昵称呀
[基金申请] 国社科系统bug了，是不是要放榜了？ +7 kynobel 2026-09-16 9/450 2026-09-19 14:52 by 接好运婷
[考博] 申博发邮件 +8 Lmengk 2026-09-15 9/450 2026-09-19 09:27 by 中间体超市
[有机交流] 各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？ 20+3 zapen 2026-09-15 9/450 2026-09-18 18:17 by zapen
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭