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yangmou

木虫 (小有名气)

[求助] 一个四原子自由基COONa怎么也优化不出来了！！！！！ 已有2人参与

输入文件
%mem=4GB
%nprocshared=8
%chk=COONa-2.chk
#p opt=calcall freq=noraman ub3lyp/6-311+g(d,p) nosymm
scf=(qc,maxcycle=365,tight)

COONa

0 2
C              
O                  1            B1
O                  1            B2    2            A1
Na                 3            B3    1            A2    2            D1    0

   B1             1.24377491
   B2             1.24386992
   B3             2.42551046
   A1           133.73088482
   A2            81.25155496
   D1            21.67057927


最后输出：
Maximum Force            0.111497     0.000450     NO
RMS     Force            0.045425     0.000300     NO
Maximum Displacement          NaN     0.001800     YES
RMS     Displacement          NaN     0.001200     YES
Predicted change in Energy=          NaN
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0             NaN         NaN         NaN
      2          8           0             NaN         NaN         NaN
      3          8           0             NaN         NaN         NaN
      4         11           0             NaN         NaN         NaN
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4
     1  C    0.000000
     2  O    0.000000   0.000000
     3  O    0.000000   0.000000   0.000000
     4  Na   0.000000   0.000000   0.000000   0.000000
Small interatomic distances encountered:      2     1     3     1     3     2     4     1     4     2
Small interatomic distances encountered:      4     3
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /public1/software/gaussian09/g09/l202.exe at Sat Sep  6 11:09:40 2014.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 55.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     83 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      2



我用了各种基组和加不同关键词就是总遇到这个错误，构型也调整过了，也换过不同机器。
这是我投稿的一篇文章里计算出来的裂解产物COONa自由基。我原来算出来的是这种构型：
一个四原子自由基COONa怎么也优化不出来了！！！！！
所以我认为COONa会解离为CO2和Na原子，不能稳定存在。审稿人说可以出现这种稳定构型：
一个四原子自由基COONa怎么也优化不出来了！！！！！-1
并且给我列出了详细的图和几何参数，计算出来的频率（上图）。我就是怎么也优化不出审稿人说的构型，为什么啊，求救啊 啊；啊； ！！！！！！

那位牛人帮我用 cbs-qb3 geom=connectivity nosym scf=(tight,maxcycle=5000)方法算一下啊，多谢了啊
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yangmou

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1楼 2014-09-09 10:24:51
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yangmou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-09-11 08:40:29
对不起，我看错了，坐标是对的。既然有好的对称性，不必加nosymm。

不加nosymm也计算不出来呢，优化后原子都四散奔逃了，求解救啊，给出ub3lyp/6-311+g(d,p)的能量和零点能矫正值
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10楼2014-09-11 12:05:11
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普通回帖

gauss98

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+8 2014-09-09 14:56:05
本帖内容被屏蔽
2楼2014-09-09 12:48:00
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yangmou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gauss98 at 2014-09-09 12:48:00
用B3LYP-D3  6-311+G** 优化你的 第二个结果
E(UB3LYP) =  -350.934411163
! R1    R(1,2)                  1.2359         -DE/DX =   -0.0001              !
! R2    R(1,3)                  1.2359    ...

，b3lyp/6-311+g(d,p) 和 cbs-qb3这两个方法能优化出来么，我其他分子都是用的这种方法，所以想一致起来。
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3楼2014-09-09 17:24:11
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gauss98

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yangmou: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-09-10 18:38:06
本帖内容被屏蔽
4楼2014-09-10 11:13:43
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gauss98

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2014-09-10 11:14:59
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
坐标是对的
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6楼2014-09-10 16:11:48
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yangmou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-09-10 16:11:48
你提问时列出的内坐标全是错的，将坐标在GV中打开就可看见不是你想要的。

为什么是错误的呢，我用GV打开没发现呢？检查键长和键角没发现不太合理的地方呢，求指教，确实卡在这里了。
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7楼2014-09-10 22:49:26
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yangmou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gauss98 at 2014-09-10 11:14:59
Temperature=               298.150000 Pressure=                       1.000000
E(ZPE)=                      0.010225 E(Thermal)=                     0.014536
E(SCF)=                   -349.537821 ...

%mem=4GB
%nprocshared=8
%chk=COONa-2.chk
#p opt=calcall freq=noraman ub3lyp/6-311+g(d,p) nosymm scf=(qc,maxcycle=365,tight)

COONa

0 2
C              
O                  1            B1
O                  1            B2    2            A1
Na                 3            B3    1            A2    2            D1    0

   B1             1.24377491
   B2             1.24386992
   B3             2.42551046
   A1           133.73088482
   A2            81.25155496
   D1            21.67057927
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8楼2014-09-10 22:50:32
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zhou2009

版主 (著名写手)
对不起，我看错了，坐标是对的。既然有好的对称性，不必加nosymm。
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9楼2014-09-11 08:40:29
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