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Movchan

金虫 (正式写手)


[交流] Affymetrix表达谱芯片数据如何跨平台比较?探针如何对应?

比如我用GPL570平台,Affymetrix HG-U133_Plus_2做的表达谱数据,找出了异常表达的基因探针。但是我又需要查找这些探针在GPL96平台,HG-U133A下的对应探针,即跨平台探针比较。
我现在的做法是利用Affymetrix网站的Query Search,先把HG-U133_Plus_2的探针找出对应的Gene Symbol,然后再反过来找对应的HG-U133A探针。可是这里面出现一个问题,就是两个平台的探针不再是一一对应关系。当然,它们可以不一一对应,可问题是当出现一个HG-U133_Plus_2的探针对应于多个HG-U133A探针时,是全部留下还是如何取舍呢?从Affymetrix网站“Home > Support > Microarray Technical Documentations > Array Comparison ”找了一圈,说是探针比较可以有Good match和Best match。如果能对上Best match那当然是好,可是不属于这两种情况下,又该怎么看比较结果呢?
总之一句话,我就是想把HG-U133_Plus_2的探针对应到HG-U133A,如何做到?出现一对多的情况下,如何取舍?

因为本人刚接触表达谱,不知道我的问题是不是很业余,请海涵,谢谢指教!
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Movchan

金虫 (正式写手)


送红花一朵
引用回帖:
17楼: Originally posted by bullfrog325 at 2014-09-08 21:45:40
楼主需要各个平台每个探针的序列(很容易找到的), 让后重新比对回最新的基因组。因为不同的平台上面探针的数量,长度,以及设计时基因组序列的信息会不一样。如果平台A某个的探针比对回基因组上时出现一对多情况, ...

虽然不是很懂,但还是非常感谢你的热心帮助!
18楼2014-09-09 10:14:59
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假大空6楼
2014-09-08 16:33   回复  
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