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Affymetrix表达谱芯片数据如何跨平台比较？探针如何对应？
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比如我用GPL570平台，Affymetrix HG-U133_Plus_2做的表达谱数据，找出了异常表达的基因探针。但是我又需要查找这些探针在GPL96平台，HG-U133A下的对应探针，即跨平台探针比较。 我现在的做法是利用Affymetrix网站的Query Search，先把HG-U133_Plus_2的探针找出对应的Gene Symbol，然后再反过来找对应的HG-U133A探针。可是这里面出现一个问题，就是两个平台的探针不再是一一对应关系。当然，它们可以不一一对应，可问题是当出现一个HG-U133_Plus_2的探针对应于多个HG-U133A探针时，是全部留下还是如何取舍呢？从Affymetrix网站“Home > Support > Microarray Technical Documentations > Array Comparison ”找了一圈，说是探针比较可以有Good match和Best match。如果能对上Best match那当然是好，可是不属于这两种情况下，又该怎么看比较结果呢？ 总之一句话，我就是想把HG-U133_Plus_2的探针对应到HG-U133A，如何做到？出现一对多的情况下，如何取舍？ 因为本人刚接触表达谱，不知道我的问题是不是很业余，请海涵，谢谢指教！  |
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