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Movchan

金虫 (正式写手)

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[交流] Affymetrix表达谱芯片数据如何跨平台比较？探针如何对应？

比如我用GPL570平台，Affymetrix HG-U133_Plus_2做的表达谱数据，找出了异常表达的基因探针。但是我又需要查找这些探针在GPL96平台，HG-U133A下的对应探针，即跨平台探针比较。
我现在的做法是利用Affymetrix网站的Query Search，先把HG-U133_Plus_2的探针找出对应的Gene Symbol，然后再反过来找对应的HG-U133A探针。可是这里面出现一个问题，就是两个平台的探针不再是一一对应关系。当然，它们可以不一一对应，可问题是当出现一个HG-U133_Plus_2的探针对应于多个HG-U133A探针时，是全部留下还是如何取舍呢？从Affymetrix网站“Home > Support > Microarray Technical Documentations > Array Comparison ”找了一圈，说是探针比较可以有Good match和Best match。如果能对上Best match那当然是好，可是不属于这两种情况下，又该怎么看比较结果呢？
总之一句话，我就是想把HG-U133_Plus_2的探针对应到HG-U133A，如何做到？出现一对多的情况下，如何取舍？

因为本人刚接触表达谱，不知道我的问题是不是很业余，请海涵，谢谢指教！

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1楼2014-09-08 16:01:28

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bullfrog325

木虫 (正式写手)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2014-09-10 09:31:24

楼主需要各个平台每个探针的序列（很容易找到的），让后重新比对回最新的基因组。因为不同的平台上面探针的数量，长度，以及设计时基因组序列的信息会不一样。如果平台A某个的探针比对回基因组上时出现一对多情况，要看探针的长度，如果探针长度短（～50bp), 你可以保留并且信号平均分配给各个比对结果处，如果探针长度长（>300bp）, 我建议你舍掉它。
然后再对基因组分区，再每各平台各分析一次杂交信号结果。这样所有平台的杂交信号都能统一起来了。