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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

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[交流] 运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件已有5人参与

程序跑起来比较郝时间,我把跑完的dump.lammpstrj上传上去,大家可以用vmd直接打开观看,出现的问题是,氧原子跟氢原子分离了,但是之间还有键链接,怎么回事?

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附件 1 : 1000.data

2014-08-28 21:48:05, 341.14 K

附件 2 : dump.lammpstrj

2014-08-28 21:49:53, 9.73 M

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1楼 2014-08-28 21:50:24

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chibang367

银虫 (小有名气)

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★
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引用回帖:

12楼: Originally posted by chibang367 at 2016-03-06 22:31:12
楼主，请问bond_coeff 1 450 0.9572中的450怎么求得。

我知道了，手册里有。但是不清楚这个值怎么算出来的energy/diatance2,distance指平衡距离，那energy指什么

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13楼2016-03-06 23:38:40

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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

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专业: 微/纳机械系统

dimension 3
boundary p p p
units metal
atom_style full
read_data 1000.data
neighbor 2 bin
neigh_modify delay 0 every 1
pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5
pair_coeff 1 1 0.1521 3.154000 8.5
pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5
bond_style harmonic
bond_coeff 1 450 0.9572
angle_style harmonic
angle_coeff 1 55 104.52
kspace_style pppm/tip4p 0.001
velocity all create 318 12345
fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
fix 2 all npt temp 318 318 2.5 iso 0 0 1000
timestep 0.002
thermo 100
dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj
run 10000

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2楼2014-08-28 21:52:19

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