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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助PAUP使用GTR+G+I模型建ML树，具体命令
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qcmjxmc

新虫 (小有名气)

[求助] 求助PAUP使用GTR+G+I模型建ML树，具体命令 已有3人参与

建树小白一只。。。最近要用PAUP使用GTR+G+I替换模型构建ML树，从网上看相关教程一直云里雾里，希望大虫能帮帮忙，给出具体命令行供学习。非常感谢！
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1楼 2014-08-28 19:45:49
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lingonghua

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
qcmjxmc(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-09-09 09:54:40
用modeltest软件可直接生成命令行，将其拷到序列文件之后即可。例：
BEGIN PAUP;
Lset  Base=(0.2430 0.0266 0.2287)  Nst=6  Rmat=(644843.0000 163043.4531 2960.3882 464968.3750 2308065.0000)  Rates=gamma  Shape=0.4289  Pinvar=0.4903;
outgroup H_dim;
END;
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2楼2014-08-30 15:03:10
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qcmjxmc

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lingonghua at 2014-08-30 15:03:10
用modeltest软件可直接生成命令行，将其拷到序列文件之后即可。例：
BEGIN PAUP;
Lset  Base=(0.2430 0.0266 0.2287)  Nst=6  Rmat=(644843.0000 163043.4531 2960.3882 464968.3750 2308065.0000)  Rates=gamma  ...

感谢回复！
不过其实看不太懂，能否再详细 说明下各命令代表的意义？

或者我现在的状态时，用MEGA里的modeltest检测到最好的建树模型是GTR+G+I，所以下一步想在PAUP里用这个模型建ML树。
执行中是windows版打开PAUP→输入数据集→设定查找树的标准set criterion=likelihood→【设定替换模型，这里不会了。。】→保存树savetrees file=文件名.tre root=yes brlens=yes savebootp=brlens

以上步骤有无错误吗？还有中间括号部分命令不太清楚，希望能帮帮我，谢谢！
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3楼2014-09-09 08:58:13
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lingonghua at 2014-08-30 15:03:10
用modeltest软件可直接生成命令行，将其拷到序列文件之后即可。例：
BEGIN PAUP;
Lset  Base=(0.2430 0.0266 0.2287)  Nst=6  Rmat=(644843.0000 163043.4531 2960.3882 464968.3750 2308065.0000)  Rates=gamma  ...

你好。初次使用PAUP,请问一下为什么我用jmodeltest对数据进行模型推测，结果软件运行了5个多小时才运行了1%的进度？
请问有什么好点的方法吗？
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日拱一卒，功不唐捐
4楼2015-05-13 16:49:36
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洛可可薇薇

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lingonghua at 2014-08-30 15:03:10
用modeltest软件可直接生成命令行，将其拷到序列文件之后即可。例：
BEGIN PAUP;
Lset  Base=(0.2430 0.0266 0.2287)  Nst=6  Rmat=(644843.0000 163043.4531 2960.3882 464968.3750 2308065.0000)  Rates=gamma  ...

请问modeltest版本是0.0.1，运算结果显示的不是这样的，如何导入PAUP呢？
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5楼2016-03-07 10:50:06
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洛可可薇薇

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by lingonghua at 2014-08-30 15:03:10
用modeltest软件可直接生成命令行，将其拷到序列文件之后即可。例：
BEGIN PAUP;
Lset  Base=(0.2430 0.0266 0.2287)  Nst=6  Rmat=(644843.0000 163043.4531 2960.3882 464968.3750 2308065.0000)  Rates=gamma  ...

我试过，PAUP没反应
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6楼2016-03-08 16:10:24
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林之子云

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by Crescendo at 2015-05-13 16:49:36
你好。初次使用PAUP,请问一下为什么我用jmodeltest对数据进行模型推测，结果软件运行了5个多小时才运行了1%的进度？
请问有什么好点的方法吗？...

大兄弟，那是你电脑内存不够，换model test吧
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7楼2016-03-18 14:55:48
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