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ysshj

金虫 (小有名气)

[交流] hbond/dreiding/lj相关计算

先运行oh.in,再运行ohre.in进行rerun。研究ohre.in和结果。

ohre.in文件如下:

   dimension 3
   units     metal
   boundary  p p p

   atom_style    full
   neighbor      3.0 bin
   neigh_modify  delay 0 every 1 check yes
   read_data    coh.data

bond_style    harmonic
bond_coeff    1 13.878 1.410
bond_coeff    2 23.983 0.96
bond_coeff    3 13.878 1.410
bond_coeff    4 23.983 0.96
angle_style     harmonic
angle_coeff    1 2.1684 109.5
angle_coeff    2 2.3853 108.5
angle_coeff    3 2.1684 109.5
angle_coeff    4 2.3853 108.5
dihedral_style  opls
dihedral_coeff  1 0.1160 -0.1250 0.0445 0.0
dihedral_coeff  2 0.1160 -0.1250 0.0445 0.0
#dielectric  1.0
#kspace_style  pppm 1.0e-6

pair_style    hybrid/overlay airebo 2.5 1 1 lj/cut 10.0 hbond/dreiding/lj 4 3.3 3.5 150

pair_coeff    * * airebo CH.airebo C C NULL NULL NULL NULL
pair_coeff    1 2 none

pair_coeff    1 2 lj/cut 0 3.50

pair_coeff    1 3 lj/cut  0.0046 3.31
pair_coeff    1 4 lj/cut  0 3.31
pair_coeff    2 3 lj/cut  0 3.31
pair_coeff    2 4 lj/cut  0.0046 3.31

pair_coeff    1 5 lj/cut  0.0016 2.1954
pair_coeff    1 6 lj/cut  0 2.1954
pair_coeff    2 5 lj/cut  0 2.1954
pair_coeff    2 6 lj/cut  0.0016 2.1954

pair_coeff    3 3   lj/cut  0.0074 3.12
pair_coeff    4 4   lj/cut  0.0074 3.12
pair_coeff    3 4   lj/cut  0 3.12

pair_coeff    3 5  lj/cut 0.0025 2.0054
pair_coeff    3 6  lj/cut 0 2.0054
pair_coeff    4 5  lj/cut 0 2.0054
pair_coeff    4 6  lj/cut 0.0025 2.0054

pair_coeff    5 5 lj/cut  8.6738e-4 0.8909
pair_coeff    6 6 lj/cut  8.6738e-4 0.8909
pair_coeff    5 6 lj/cut  0 0.8909

pair_coeff    3   4 hbond/dreiding/lj 5 i 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150
pair_coeff    3   4 hbond/dreiding/lj 6 j 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150

region r1 block INF INF INF INF INF 0.3 units box
region rt block INF INF INF INF 0.3 INF units box

group group2 region r1
group group1 region rt

variable fg1x  equal fcm(group1,x)

compute   hb all pair hbond/dreiding/lj
variable  nhb equal c_hb[1]
variable  ehb equal c_hb[2]

compute gg2 group1 group/group group2

timestep        0.001

thermo_style custom v_fg1x c_gg2[1] c_hb[2] c_gg2

thermo          1

rerun     coh.dump  dump x y z vx vy vz ix iy iz box no


1、group1 包含原子类型 1,3,5。group2  包含原子类型 2,4,6。
2、bond/angle/dihedral 是 group1 或 group2 内部作用。
3、group1 和 group2 之间只有 hbond/dreiding/lj 作用。
4、无外力。
5、variable fg1x  equal fcm(group1,x) 和
     compute gg2 group1 group/group group2 的结果为什么不一样?
     compute   hb all pair hbond/dreiding/lj 和
     compute gg2 group1 group/group group2 得到的能量有什么关系?是一部分吗?
   fg1x              gg2[1]             hb[2]            gg2
-0.26078056  0.068249515   -1.1930503  -0.78975531
  -0.9591668  0.047818212   -1.4279895  -0.80196775
-0.98344781  0.029496808   -1.4659098  -0.80584598
-0.97878567  0.013287859   -1.4980585  -0.80407161
-0.93969166  0.019469678   -1.5237638  -0.80046352
-0.86897216  0.022923407   -1.5414305  -0.79845355
-0.77782396  0.021246764    -1.549718  -0.79996216
-0.68174755  0.015051052   -1.5484882  -0.80483706
-0.59494213 0.0049977361   -1.5388899  -0.81090889
-0.52521538 -0.0072240828   -1.5229889  -0.81482867
  -0.4721573 -0.015303847   -1.5035062  -0.81353129
6、把 pair_coeff    3   4 hbond/dreiding/lj 5 i 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150 注释掉,
结果是有氢键作用,但group/group结果为0。这是为什么?
  fg1x                gg2[1]   hb[2]                    gg2
-0.19016095            0  -0.40329497            0
-0.88982777            0  -0.62602174            0
-0.91450677            0  -0.66006377            0
-0.90743726            0  -0.69398685            0
-0.86298851            0  -0.72330024            0
-0.78508871            0  -0.74297691            0
  -0.6863355            0   -0.7497558            0
-0.58321373            0  -0.74365119            0
-0.49026671            0  -0.72798105            0
-0.41523376            0  -0.70816023            0
-0.35762304            0   -0.6899749            0


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ysshj

金虫 (小有名气)

一个人要像一支队伍。
2楼2014-09-01 11:00:55
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