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hbond/dreiding/lj相关计算
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先运行oh.in，再运行ohre.in进行rerun。研究ohre.in和结果。 ohre.in文件如下： dimension 3 units metal boundary p p p atom_style full neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes read_data coh.data bond_style harmonic bond_coeff 1 13.878 1.410 bond_coeff 2 23.983 0.96 bond_coeff 3 13.878 1.410 bond_coeff 4 23.983 0.96 angle_style harmonic angle_coeff 1 2.1684 109.5 angle_coeff 2 2.3853 108.5 angle_coeff 3 2.1684 109.5 angle_coeff 4 2.3853 108.5 dihedral_style opls dihedral_coeff 1 0.1160 -0.1250 0.0445 0.0 dihedral_coeff 2 0.1160 -0.1250 0.0445 0.0 #dielectric 1.0 #kspace_style pppm 1.0e-6 pair_style hybrid/overlay airebo 2.5 1 1 lj/cut 10.0 hbond/dreiding/lj 4 3.3 3.5 150 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C NULL NULL NULL NULL pair_coeff 1 2 none pair_coeff 1 2 lj/cut 0 3.50 pair_coeff 1 3 lj/cut 0.0046 3.31 pair_coeff 1 4 lj/cut 0 3.31 pair_coeff 2 3 lj/cut 0 3.31 pair_coeff 2 4 lj/cut 0.0046 3.31 pair_coeff 1 5 lj/cut 0.0016 2.1954 pair_coeff 1 6 lj/cut 0 2.1954 pair_coeff 2 5 lj/cut 0 2.1954 pair_coeff 2 6 lj/cut 0.0016 2.1954 pair_coeff 3 3 lj/cut 0.0074 3.12 pair_coeff 4 4 lj/cut 0.0074 3.12 pair_coeff 3 4 lj/cut 0 3.12 pair_coeff 3 5 lj/cut 0.0025 2.0054 pair_coeff 3 6 lj/cut 0 2.0054 pair_coeff 4 5 lj/cut 0 2.0054 pair_coeff 4 6 lj/cut 0.0025 2.0054 pair_coeff 5 5 lj/cut 8.6738e-4 0.8909 pair_coeff 6 6 lj/cut 8.6738e-4 0.8909 pair_coeff 5 6 lj/cut 0 0.8909 pair_coeff 3 4 hbond/dreiding/lj 5 i 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150 pair_coeff 3 4 hbond/dreiding/lj 6 j 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150 region r1 block INF INF INF INF INF 0.3 units box region rt block INF INF INF INF 0.3 INF units box group group2 region r1 group group1 region rt variable fg1x equal fcm(group1,x) compute hb all pair hbond/dreiding/lj variable nhb equal c_hb[1] variable ehb equal c_hb[2] compute gg2 group1 group/group group2 timestep 0.001 thermo_style custom v_fg1x c_gg2[1] c_hb[2] c_gg2 thermo 1 rerun coh.dump dump x y z vx vy vz ix iy iz box no 1、group1 包含原子类型 1,3,5。group2 包含原子类型 2,4,6。 2、bond/angle/dihedral 是 group1 或 group2 内部作用。 3、group1 和 group2 之间只有 hbond/dreiding/lj 作用。 4、无外力。 5、variable fg1x equal fcm(group1,x) 和 compute gg2 group1 group/group group2 的结果为什么不一样？ compute hb all pair hbond/dreiding/lj 和 compute gg2 group1 group/group group2 得到的能量有什么关系？是一部分吗？ fg1x gg2[1] hb[2] gg2 -0.26078056 0.068249515 -1.1930503 -0.78975531 -0.9591668 0.047818212 -1.4279895 -0.80196775 -0.98344781 0.029496808 -1.4659098 -0.80584598 -0.97878567 0.013287859 -1.4980585 -0.80407161 -0.93969166 0.019469678 -1.5237638 -0.80046352 -0.86897216 0.022923407 -1.5414305 -0.79845355 -0.77782396 0.021246764 -1.549718 -0.79996216 -0.68174755 0.015051052 -1.5484882 -0.80483706 -0.59494213 0.0049977361 -1.5388899 -0.81090889 -0.52521538 -0.0072240828 -1.5229889 -0.81482867 -0.4721573 -0.015303847 -1.5035062 -0.81353129 6、把 pair_coeff 3 4 hbond/dreiding/lj 5 i 0.412 2.75 4 3.3 3.5 150 注释掉， 结果是有氢键作用，但group/group结果为0。这是为什么？ fg1x gg2[1] hb[2] gg2 -0.19016095 0 -0.40329497 0 -0.88982777 0 -0.62602174 0 -0.91450677 0 -0.66006377 0 -0.90743726 0 -0.69398685 0 -0.86298851 0 -0.72330024 0 -0.78508871 0 -0.74297691 0 -0.6863355 0 -0.7497558 0 -0.58321373 0 -0.74365119 0 -0.49026671 0 -0.72798105 0 -0.41523376 0 -0.70816023 0 -0.35762304 0 -0.6899749 0 请大家指点。 |
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2014-08-25 19:22:52, 904.84 K
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2楼2014-09-01 11:00:55
