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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 基因组DNA 酶切后条带不清晰，什么原因啊？
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xm_liu

铁虫 (初入文坛)

[求助] 基因组DNA 酶切后条带不清晰，什么原因啊？ 已有6人参与

各位虫友，我提取的腺病毒基因组DNA，用Fsp I 酶切后条带很不清晰，不知道是什么原因，酶切体系是50ul，其中酶2ul，泳道1是marker，泳道2 是其他样品，泳道3 的DNA 是10ug，泳道4  20ug，泳道5 40ug，37℃，酶切过夜，约17h，谢谢大家了！

基因组DNA 酶切后条带不清晰，什么原因啊？
IMG_20140822_122802.jpg
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1楼 2014-08-22 14:41:04
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xm_liu

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 令狐少陈 at 2014-08-24 11:28:15
我也遇到过类似的问题。
我建议你酶切时间少一点。切到6h左右取10ul跑一下，不行就继续切，行就全跑了。 那么抹，估计切久了吧。还有你基因组有没跑下啊？质量怎么样

基因组跑过，质量很好，是单一的条带，我试试减少酶切时间会不会好点，谢谢哈！
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12楼2014-08-26 16:33:55
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xm_liu(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-22 20:56:29
我做过用双酶切切基因组的  是一片弥散的条带
但没做过用单酶切的 而且病毒没研究过
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2楼2014-08-22 15:17:31
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xm_liu(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-22 20:56:41
1，从你的图中可以看出，样品DNA序列中可能有多个酶切位点，因此切出几条弱带及弥散。
2，其次，这个酶酶切的时间需要根据要求设定，普通酶切一般45分钟到2个小时足够了，你的样品过夜酶切，不晓得温度是否会对你的样品造成降解。
3，酶切样品为什么用不同浓度？根据酶的说明书来配比酶切体系和样品DNA即可哈。
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3楼2014-08-22 17:28:40
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xm_liu

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2014-08-22 17:28:40
1，从你的图中可以看出，样品DNA序列中可能有多个酶切位点，因此切出几条弱带及弥散。
2，其次，这个酶酶切的时间需要根据要求设定，普通酶切一般45分钟到2个小时足够了，你的样品过夜酶切，不晓得温度是否会对你的 ...

1、理论上应该切出13条带，也不应该是这么弱的或者弥散的呀；
2、切的是基因组DNA，不是质粒载体，不知道会不会切不完全，依你看这个结果有可能是DNA降解造成的吗？
3、根据酶的说明书，30ul体系用1000ngDNA，实际电泳效果不好，条带非常弱，不清晰，所以做了梯度
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4楼2014-08-23 15:51:32
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