| 查看: 450 | 回复: 2 | ||
jia901铜虫 (小有名气)
|
[求助]
T-RFLP分析之后，片段长度为何会出现在系统发育树中，求解答 已有1人参与
|
最近看一些文章T-RFLP的分析与克隆文库一起做的，在系统发育树的某条序列后面会列上RF的片段，如图：   方法与图例中均无清晰说明，其中有的说“Clones in bold indicated the dominant T-RFs detected by T-RFLP analysis.” 请了解的大侠能给普及一下，这种是怎么处理的，每条克隆所得序列怎么能与RF的长度联系起来。 谢过！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有15人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有13人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有18人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有13人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有14人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有22人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有22人回复
2楼2014-09-23 13:38:51
peterrjp
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 65 (初中生)
- 金币: 24489.1
- 红花: 16
- 帖子: 2608
- 在线: 67小时
- 虫号: 395640
- 注册: 2007-06-08
- 性别: GG
- 专业: 微生物生态学
【答案】应助回帖
|
这个我以前也做过，也发过类似的文章。T-RFLP的每个峰代表什么微生物，需要做克隆测序才知道。测序用的PCR引物和T-RFLP的最好完全一样（只是不加荧光标记），这样就可以在ChromasPro等软件上根据测序得到的序列预测T-RF片段理论长度（即荧光标记端与最近的酶切位点的距离）。这个理论长度和T-RFLP实际做出来的长度可能会有几个bp的差距。如果你的实验结果里有几个长度很接近的T-RF片段，就很难将它们与测序结果对应上。这时就需要做克隆校正： 克隆测序时挑取的单克隆菌液可以直接用来当作PCR的模版，PCR产物酶切纯化后拿去做T-RFLP，这个T-RFLP图谱理论上只有一个峰，它应该和你之前做的T-RFLP n个峰中的某个峰的位置是一致的，这样就能准确地将测序序列和T-RF片段对应上。 |
3楼2014-10-25 14:41:18
