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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

[求助] 求助blast+本地化参数问题 已有1人参与

在blast+本地化的参数中,有一个是-outfmt 。6,7,10可以自带后面的内容
(Options 6, 7, and 10 can be additionally configured to produce a custom format specified by space delimited format specifiers)
The supported format specifiers are:
qseqid                means           Query Seq-id
qgi                   means           Query GI
qacc                  means          Query accesion
sseqid                means           Subject Seq-id
sallseqid              means           All subject Seq-id(s), separated by a ';'
sgi                   means           Subject GI
sallgi                 means           All subject GIs
sacc                 means           Subject accession
sallacc               means           All subject accessions
qstart                 means          Start of alignment in query
qend                  means          End of alignment in query
sstart                 means          Start of alignment in subject
send                  means          End of alignment in subject
qseq                  means          Aligned part of query sequence
sseq                  means          Aligned part of subject sequence
evalue                means           Expect value
bitscore               means           Bit score
score                 means           Raw score
length                 means          Alignment length
pident                 means          Percentage of identical matches
nident                 means          Number of identical matches
mismatch             means           Number of mismatches
positive               means           Number of positive-scoring matches
gapopen              means           Number of gap openings
gaps                  means          Total number of gaps
ppos                  means          Percentage of positive-scoring matches
frames                means          Query and subject frames separated by a '/'
qframe               means          Query frame
sframe               means          Subject frame
请问在输入放入时候,怎么写  -outfmt 7  后面怎跟?
还有-num_description , -num_alig ,-max-target 这些参数的具体含义?
最主要  我想在比对结果中只留下最好的哪一个,那个参数?
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
大爷给跪了: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-08-19 19:33:22
-outfmt "7 sth sth sth"
其他的查手册。
每天都为自己的无知而羞耻!
2楼2014-08-15 09:07:04
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