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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【讨论】关于如何建立晶体结构的讨论
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sunmuer

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】关于如何建立晶体结构的讨论

这个讨论是我求助的一个整理帖子。
我求助内容为如何建立PbWO4晶体的模型。
步骤：
build/build crystal,弹出对话框
然后按照晶格参数填入。这个时候要选择空间群（group这个选项）
这里注意，在开始建立的时候要填入的是晶格参数，也就是a，b,c;
然后添加原子，添加原子的时候要填入的是每个元素对应的坐标，也就是x,y,z
进行到这里，初步的结构就出来了。
然后要点build/crystal/rebuild crystal；这样，图形就整洁了很多。
按照教程所说，还要点build/symmetry/primitive cell

注意事项：
已经知道其晶格参数（这点重要啊，开始不了解需要知道这个参数，走了一些弯路）。
开始构建的时候犯了个错误，在add atom的时候没有注意弹出的对话框里有个Option选项，里面有个坐标要选分数坐标。所以，这里也要注意下。

最后，谢谢各位的帮忙。另外，如果有什么问题，请指正！

[ Last edited by wuli8 on 2009-6-13 at 17:24 ]
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出清水而不染
1楼 2008-04-11 11:12:42
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢指点
大体上是这样的，还有一种方法就是导入结构基本相同的进行修改

另外不一定要点build/symmetry/primitive cell，有时候可能是灰色的不能点，primitive cell最大的用处就是渐少计算时间。

我一直期待有高手来指导各种体系的建模经验
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淡定
2楼2008-04-11 11:38:55
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):谢谢，欢迎常来计算模拟版！
你的构建的晶胞不是primitive，才能够转换成primitivecell；还有我记得在输入小数坐标时默认的就是fractional（小数坐标、分数坐标）。
建议你应该在这个版块上多看看相关帖子，已经有很多这样的讨论了，也好节省时间。
赞一下(10人) 回复此楼
珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
3楼2008-04-11 14:15:46
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sunmuer

木虫 (小有名气)
我总是在这个板块出没的，不过详细的过程探讨看到不是很多啊。特别是对新手来说，有的时候还是详细说明较好。
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出清水而不染
4楼2008-04-12 06:40:14
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SHY31

至尊木虫 (知名作家)

小木虫研究生院西南地区区长

优秀版主
★ ★
小红豆(金币+2,VIP+0):3X！
我一般用这个build/symmetry/supercell

选择2x2x2根据不同的要求可以做元素掺杂
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小木虫研究生院
5楼2008-04-12 09:07:55
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cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer
和大家分享我的量化老师说过的一句话:
把结构输入到计算机里是一种高超的艺术
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聪明人知道自己是傻子，傻子以为自己是聪明人
6楼2008-04-12 09:27:58
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sunmuer

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by SHY31 at 2008-4-12 09:07:
我一般用这个build/symmetry/supercell

选择2x2x2根据不同的要求可以做元素掺杂

可以详细点说说么？
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出清水而不染
7楼2008-04-13 08:35:11
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来计算模拟版！
引用回帖:
Originally posted by sunmuer at 2008-4-13 08:35:


可以详细点说说么？

建立好超元胞后就可以替换你想要替换的原子了。
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…………
8楼2008-04-13 13:43:34
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墨香

银虫 (正式写手)
然后添加原子，添加原子的时候要填入的是每个元素对应的坐标，也就是x,y,z

按文献给的数据输入之后出现
unable to add atoms failed to the determine position constraint
consider reducing the tolerance used for the atom proximity test

在display style 里面把原子尺寸调到最小也不行，，弱弱得问一句把options里面得warn if atoms closer than 1A，不选择可以加入，但这样模拟得结果会不会出错啊
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于千万人之中，遇见你所遇见的人，于千万年之中，时间无涯的荒野里，没有早一步，也没晚一步，刚巧赶上了……
9楼2008-06-08 16:14:59
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spur

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
要尊重事实，如果两个原子之间的距离都小于1angstrom，这是什么概念呢？你再检查坐标输入是否正确，文献给的原子的坐标是否正确，多找两篇文献查一下，有可能是你现在看到的文献的参数给得有问题。
赞一下(10人) 回复此楼
10楼2008-06-09 09:08:40
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