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yangys108

金虫 (小有名气)

[求助] 过渡态怎么也找不出来。求助这方面的“专家”。 已有4人参与

我计算的是两个反应物成键的问题。
优化的结果,总是跑向反应物或者中间体。
寻找它们之间的过渡态已经很久了,除了TS外,也尝试了一些其他的方法。
现在甚是烦恼。
金币不多,以表谢意……


在图片中,我给出了进攻位点:由氧原子1进攻碳原子2,我要找的就是进攻的过渡态。
文件是,我给出的gjf文件,如果哪位前辈比较闲的,又喜欢挑战困难,可以帮我计算一下……

%mem=6GB
%nprocshared=6
# B3LYP/genecp opt=(TS,noeigen,calcfc,maxcyc=265) Freq iop(1/8=5)过渡态怎么也找不出来。求助这方面的“专家”。
1234.png
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  • 附件 1 : TS-17-14-37.gjf
  • 2014-08-11 10:03:34, 13.83 K

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枪下游魂

木虫 (著名写手)

输出文件呢?
2楼2014-08-11 11:40:55
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tcclab

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangys108: 金币+5 2014-08-11 21:01:38
1. SCAN
2. TOP POINT
3. TS (FREQ=NORAMAN)
3楼2014-08-11 16:11:54
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戴世杰

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangys108: 金币+10, 这个方法,我用过了,不行的。回帖给的好像也不是太对哦,嘿嘿……给10个金币,以表谢意。 2014-08-11 20:58:33
gmy1990: 金币+2 2014-08-12 02:12:25
yangys108: 金币+10 2014-08-12 10:35:07
你用的是TS方法,这个很难找到过渡态,建议用TS2方法。我用小基组算了一下,因为分子太大,没有算完,你用自己有电脑跑下。附件是输入文件。

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  • 附件 1 : TS2.gjf
  • 2014-08-11 16:48:43, 25.45 K
4楼2014-08-11 16:50:18
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yangys108

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by tcclab at 2014-08-11 16:11:54
1. SCAN
2. TOP POINT
3. TS (FREQ=NORAMAN)

你好,
1、你说的scan是扫描吧。
2、top point这个我还没有见过,不知道是什么啊,可以给我解释一下吗
3、用TS这个方法,我已经尝试了很多遍了,不好找到过渡态啊。
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5楼2014-08-11 21:01:26
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yangys108

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-08-11 11:40:55
输出文件呢?

你好,输出文件就有两种,一种是两个分子分开,另一种就是靠近形成中间体。
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6楼2014-08-11 21:20:03
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangys108: 金币+5 2014-08-12 08:56:21
yangys108: 金币+30 2014-08-12 10:34:52
引用回帖:
6楼: Originally posted by yangys108 at 2014-08-11 21:20:03
你好,输出文件就有两种,一种是两个分子分开,另一种就是靠近形成中间体。...

你看下每步的能量走势,看看能不能找到一个相对是鞍点的能量点,然后看下结构,如果这个结构和你预想的过渡态差不多的话,算一下频率看看。
我觉得LS的方法可能也是先让你用scan找到一个能量的高点,然后在这个高点的结构做TS和freq。
另外你说你已经得到了中间体,那么以中间体为产物,进行QST2计算看看呢?
7楼2014-08-12 08:08:24
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yangys108

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-08-12 08:08:24
你看下每步的能量走势,看看能不能找到一个相对是鞍点的能量点,然后看下结构,如果这个结构和你预想的过渡态差不多的话,算一下频率看看。
我觉得LS的方法可能也是先让你用scan找到一个能量的高点,然后在这个高 ...

你好,scan我正在算着,不过qst2需要优化两个分子,如果我将他们放在一起优化,拉的很远,优化的结果还是形成中间体的。
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8楼2014-08-12 08:58:14
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gauss98

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

9楼2014-08-12 09:34:56
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yangys108 at 2014-08-12 08:58:14
你好,scan我正在算着,不过qst2需要优化两个分子,如果我将他们放在一起优化,拉的很远,优化的结果还是形成中间体的。...

你是先单独优化两个分子后放在一起,还是没优化的放在一起优化?
这两种方法的区别也讨论过,我的建议是可以都试试
10楼2014-08-12 09:57:58
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