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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wang4681060

铁虫 (小有名气)

[求助] 序列注释 已有1人参与

我的拼接序列回来了,有个最长的170kb,不知道是不是一个完整的基因组,我应该做哪些注释?求高手指导一下!!!
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。可以用有关的软件预测一下目的序列的可能的结构,并且与同源的基因的结构加以对比,如果差异很大,那么可能目的片段就不完整。

具体请参见:
薛庆中 等编著,DNA和蛋白质序列数据分析工具,科学出版社,2012,第三版,25-39,第2章 真核基因结构的预测,其中有GENSCAN(针对基因组DNA序列预测可读框和基因结构): http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍,还有CpGplot(CpG岛预测): http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan(启动子区域i预测): http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性,CodonW 能够在Windows系统下运行,可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能,或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能,Genecards http://www.genecards.org  .

生物信息学参考书:
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank
下载后即可阅读。
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版)
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank
下载后好像无法解压,楼主试试看吧,至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。
“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用,很容易看懂并且自己上手操作,不过没有讲述各种算法的原理。

开放阅读框的预测本身就可以预测表达产物,可以用预测的表达产物和真实的产物的序列加以比对。

另外,也可以直接从NCBI上查询目的基因的全序列,至少查出多个同源基因的全序列。
3楼2014-08-07 10:59:42
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用blast搜索对比一下同源的基因的序列。具体软件用法请见:薛庆中 等,DNA和蛋白质序列数据分析工具,科学出版社,2012年,第三版,1-24.

下载处:
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版)
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121
2楼2014-08-07 10:53:13
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