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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 序列注释
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wang4681060

铁虫 (小有名气)

[求助] 序列注释 已有1人参与

我的拼接序列回来了，有个最长的170kb，不知道是不是一个完整的基因组，我应该做哪些注释？求高手指导一下！！！
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1楼 2014-08-07 10:27:09
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用blast搜索对比一下同源的基因的序列。具体软件用法请见：薛庆中 等，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012年，第三版，1-24.

下载处：
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121
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2楼2014-08-07 10:53:13
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。可以用有关的软件预测一下目的序列的可能的结构，并且与同源的基因的结构加以对比，如果差异很大，那么可能目的片段就不完整。

具体请参见：
薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .

生物信息学参考书：
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank
下载后即可阅读。
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank
下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。
“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用，很容易看懂并且自己上手操作，不过没有讲述各种算法的原理。

开放阅读框的预测本身就可以预测表达产物，可以用预测的表达产物和真实的产物的序列加以比对。

另外，也可以直接从NCBI上查询目的基因的全序列，至少查出多个同源基因的全序列。
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3楼2014-08-07 10:59:42
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