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wang4681060铁虫 (小有名气)
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序列注释 已有1人参与
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| 我的拼接序列回来了，有个最长的170kb，不知道是不是一个完整的基因组，我应该做哪些注释？求高手指导一下！！！ |
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凌波丽
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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用blast搜索对比一下同源的基因的序列。具体软件用法请见：薛庆中 等，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012年，第三版，1-24. 下载处： 1.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763 2.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121 |
2楼2014-08-07 10:53:13
凌波丽
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【答案】应助回帖
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实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。可以用有关的软件预测一下目的序列的可能的结构，并且与同源的基因的结构加以对比，如果差异很大，那么可能目的片段就不完整。 具体请参见： 薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan 的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net 下载。 基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org 进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org . 生物信息学参考书： 1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下载后即可阅读。 2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。 “DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用，很容易看懂并且自己上手操作，不过没有讲述各种算法的原理。 开放阅读框的预测本身就可以预测表达产物，可以用预测的表达产物和真实的产物的序列加以比对。 另外，也可以直接从NCBI上查询目的基因的全序列，至少查出多个同源基因的全序列。 |
3楼2014-08-07 10:59:42
