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质粒测序后blast结果分析（菜鸟求助） 已有6人参与
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第一次做，质粒昨天送过去测序，今天出结果。F引物测出来一段序列1129bp，R引物测出来一段序列1154bp，可是我目的序列是1290bp啊！NCBI Blast比对结果如下： F引物结果  R引物结果  求大神解释一下 |
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songzuowei
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【答案】应助回帖
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人于两点: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-08-08 11:15:48
人于两点: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-08-08 11:15:48
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首先咱也是菜鸟一个，这里有点资料，希望对你有帮助，共同学习吧。 克隆PCR产物的方法之一，是在PCR产物两端设计一定的限制酶切位点，经酶切后克隆至用相同酶切的载体中。但实验证明，大多数限制酶对裸露的酶切位点不能切断。必须在酶切位点旁边加上一个至几个保护碱基，才能使所定的限制酶对其识别位点进行有效切断。 下表列举了15种限制酶，分别比较了各种限制酶在其酶切位点旁边分别加0、1、2、3个保护碱基后的切断情况。表中的：(-) 为不能切断；(±) 为不能完全切断；(+) 为能完全切断。 结果显示，基本上所有限制酶，在其酶切位点旁边加上3个以上的保护碱基后，可以对其酶切位点进行有效切断。 Enzyme Base Pairs from Terminus 0 1 2 3 Apa I － － ± + BamH I － ± + + BstX I － ± + + Cla I － ± + + EcoR I － ± + + EcoR V － + + + Hind III － － － + Not I － － + + Pst I － － ± + Sac I － ± + + Sal I + + + + Sma I － ± + + Spe I + + + + Xba I － ± + + Xho I － － ± + |
14楼2014-08-07 16:57:02
songzuowei
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2楼2014-08-06 16:32:53
3楼2014-08-06 16:38:39
4楼2014-08-06 17:09:46